历尽艰险才拍到的真正的天空之城，但除了巴斯之外，没有人相信他。
父亲在郁郁寡欢中去世。
巴斯发誓，一定要向他人证实，世上真的有天空之城存在！
嗅觉灵敏的海盗很快就找上门来。
接下来就是一段令人眼花缭乱的追捕与逃跑镜头，最后希达和巴斯二人在众目睽睽之下掉入万丈深的矿井。
但希达戴的飞行石又一次发光，令二人安全飘落。
矿井中，飞行石和井下的矿石发生共鸣。
原来，这里曾是开采飞行石原料的地方，但提炼飞行石的技术，传说只有拉普达人才掌握着。
二人刚出矿井，就被军队的人抓住。
希达被带往要塞，在那里，一个叫穆斯卡的人给希达看一个巨大的机器人，说它是从天空之城掉下来的，凭我们地面现在的科技无法令它再启动。
当天晚上，希达念起祖辈所流传的寻求帮助的咒语，飞行石发出光茫，令机器人再次活过来。
活过来的长臂机器人为了保护希达，将整个堡垒变成火的海洋。
巴斯趁乱和海盗达成联盟，飞入要塞救出希达。
匆忙中，希达丢失了飞行石。
而穆斯卡得到了宝石，命军队按照宝石上圣光的指引，飞向天空之城。
另一方，海盗妈妈朵拉从希达的记述中算出了天空之城的方位，带着希达二人乘海盗飞艇全速前进。
即将到达之时，忽然前方出现龙卷风，他们和穆斯卡的舰艇又狭路相逢。
交战中，巴斯和希达的滑翔机被卷入龙卷风里。
这里是被上帝抛弃的领域，自然的恐怖与众神的愤怒在这里集结。
飞越浓重的黑暗，在纵横飞啸的电光中，穿过闪电的回廊，突破生与死的界限，命运之门再次敞开在少年的面前……
龙卷风的中心，正是传说中的飞岛“天空之城拉普达”。
那儿是寂静的天堂，长满植物和远古生物的家园，机器人默默守护着这个空中之城。
它外观为多层次圆形架构，最上层为温室花园和居住区以及天台，中间层为王宫部和城市街道，最下层为黑色不明石头所构成的半球体，内部为拉普达中枢和只有王家才得以进入的拉普达圣城。
中枢部有着超巨大正八角型飞行石作为全城的动力和漂浮来源，并设置有用同样用黑色石头做成的控制台，用以进行各种操作，所有的石板操作都要使用
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