在托勒密抵达第三新东京市前，碇唯就开着初号机，伙同赤木直子和恭子，在第三新东京市的火力掩护之下，强行突入了深海舰队的防线，以炸裂一般士兵三观的手段强行掳回来一只驱逐舰级，一只轻巡洋舰级，以及一只眼睛冒着金光的战列舰级。
那就是……
赤木直子和恭子一人拎着一把剑冲上去和深海栖舰肉搏，揍翻了一小支巡逻舰队之后，由初号机抱着三个被揍懵了的深海栖舰窜了回来。
等托勒密秘密降落在第三新东京市的港口的时候，碇唯等人对深海栖舰的分析已经基本做好了。
首先，深海栖舰的出现并不是自然现象。
但是，她们也并不是人造物这种干巴的词可以形容的，稍微准确一点的形容，应该是“人为引发的奇迹产物”，她们的存在，和“精灵”或者“妖精”的存在类似。借由某个诱因，缠绕在人类历史上所有船只身上的类似“信仰之力”的超自然力量获得了类似“核心”的凭依。
身为战争兵器的军舰，一般来说是知名度最高的，因此她们身上缠绕着的力量也是最强的，越是强大的战舰，通常来说，也是最出名的。
然而，战舰这种东西，但凡沉没了, 大多是战沉的, 少数是沉没于实验（比如核试验），少数沉没于海难。
而这些沉没方式, 都会让战舰本身“产生”负面情绪，这就让她们复苏后直接深海化，并且和人类敌对有了先天条件。
在这个基础之上，因为驱逐舰、轻巡洋舰在人类历史上出现了太多, 战沉的也太多, 除了个别比较出名的之外，恐怕大多数人都不会将这种数量庞大的量产船仔细的记住的缘故，捕捉回来的轻巡洋舰级和驱逐舰级并不具备实体意义上的“核心”。她们的身体也只是被现在改称为“深海怨念”的力量凝聚出来的拟·实体化身体，换句话说, 就和隔壁FATE片场的, 由圣杯以魔力凝聚出身体的英灵差不多。
如果身体承受的伤害达到了某个限度，这个由深海怨念凝聚出来的身体就会崩坏，但是……
深海怨念并不会消失, 而是会回归大海，成为下一只深海栖舰诞生的原材料。
在“愚人节战役”结束后，深海怨念明显又强大了不少，为此，碇唯推断，人类一方击沉的深海栖舰，只是把这一团深海怨念打散了而非消灭了。
但是战斗中，人类一方战沉的船凝聚着水手们的怨念沉入大海, 战死的士兵的怨念、战沉的战舰的怨念以及他们家属、
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