”）爆发，起义的农民以教民为核心反抗领主的苛政和暴行，据城防守，连续打退了幕府联军的第一次、第二次、第三次攻击，还当场打死了幕府派遣的讨伐使板仓重昌，后来幕府动用了超过十二万人的诸侯联军，围城近两个月才使起义军弹尽粮绝，然后攻城成功。
此次事件给幕府、诸大名及当时扶桑社会极大震撼，岛原松仓家被没收领地，家主松仓胜家被判决斩首，成为江户时代大名被斩首的唯一一人（刨腹不算被斩首），天草寺泽家被没收领地，家主寺泽坚高因为精神失常自杀，寺泽家从此断绝。
至此引发岛原之乱的两家大名都遭到了覆灭的厄运。
因为此事，幕府更加深了对外来文化的恐惧，于是在宽永十六年（163
9年）发布第五次也是最后一次锁国令：全面禁止外国船只来扶桑，命令各诸侯检查航行船只，提高三倍密告外船走私入境的奖金，并禁绝西洋教会对扶桑切支丹教民的一切联系与影响——在这次交涉中，佩里没有提出传教的问题，林大学头等人也乐得不管。
可万一通商，这双方人员混杂，那切支丹不又死灰复燃了么？——当年幕府三令五申不许南蛮人传教，可借着通商的机会，除了兰国人谨守本份，其他蛮夷还不是偷偷地在传。
另外，幕府在单纯的通商贸易也是吃过大亏的，总结起来就是“富了大名、豪商，亏了天下和幕府”——德川齐昭一系坚决反对通商，也不是光靠喊，人家手里有证据啊。
德川幕府也不是一开始就锁国的，当时扶桑经历了一百多年的战乱——战国时代（1467年—1603），尤其是在与中华、高丽的文禄?庆长之役（1592年—1598年）中大败亏输，导致经济十分疲敝，而且当年南蛮人的势力很大，又勾结了九州岛及沿海的大名，这开国生意既是幕府主动的，但也是迫不得已而为之。
庆长八年（1603年）家康就任征夷大将军，德川幕府正式成立，当时对外生意做的红红火火——南蛮诸国、唐人、高丽都争相前来贸易，扶桑也有大量商船出海。
可做着做着幕府就发现不对劲了，除了切支丹传教动摇国本外，扶桑的经济也受到了重创——除了必须的生铁、药材、染料、铅汞、蔗糖等外，生丝、丝绸及各种奢侈品如皮毛和西洋玩意也大量涌入，导致扶桑一直是入超。
入超怎么办？还能怎么办，只能用重金属弥补，于是造成金银铜大量流失。
根据幕府自己的统计，光金银每年就损失价
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