神龙元年，秦素刚好四十岁，秦清已经是年过花甲。
秦清登基称帝，向上追封三代，立白绣裳为皇后，秦道远为辽王、秦道方为奉王， 司徒玄策异姓封王为齐王。不过对于群臣众将而言，封王都是细枝末节，关键在于太子人选，秦清膝下无子，唯有一女，按照常理来说，秦清要么是广纳嫔妃继续生儿子，要么是选择从兄弟的子嗣中过继一子，再就是直接立皇太弟，可是考虑到秦清的年龄，再生儿子也不现实，关键是秦素威望太高，功劳太大，于是秦清选择立秦素为皇太女，秦素则是过继了二叔秦道远的幼孙为子，是为皇孙。
如此一来，秦素虽然会以女子之身登基为帝，但皇位传承还是在秦家男丁之中，不会落到外姓之中，群臣虽有诽议，但也没有激烈反对。
在秦清称帝之后，许多府县几乎是望风而降，几有不战而下之势。唯有坐镇西京的张肃卿和秦襄并不响应。
此时天下棋局，只剩下三个棋手，分别是秦素、张肃卿、宋政，已经是进入最后阶段。
神龙二载，秦清坐镇帝京，奉王秦道方坐镇辽东，防范金帐，秦素亲自领兵进逼金陵府。
战事持续一年有余，直到神龙三载，秦素已经收复钱塘府、广陵府等重镇，金陵府成为孤城，宋政弃城出走，不知所踪，秦素攻克金陵府，曾经鼎盛一时的青阳教终于走向穷途末路。秦素率军沿江而上，坐镇白帝城的澹台云出降，被秦清封为蜀王，也是第二位异姓王。继而大天师张静沉请降，秦素允之，仍保留其大天师称号，加封显化大真人。
最后，只剩下张肃卿和秦襄，大势之下，两人也不得不降。
至此，天下太平。神龙四载，秦清在帝京议功，除去诸王之外，景修、胡良、云承宗、司徒玄略、张肃卿、秦襄等七人封国公爵位。封侯者三十六人，封伯者七十二人。在秦素的建议下，秦清仍旧沿袭前朝旧制，组建内阁，统摄六部，以云承宗为内阁首辅，以张肃卿为内阁次辅。云承宗老迈不堪，只是挂名，实则是张肃卿主事。设立大都督府，景修出任大都督，秦襄出任左都督。
此时的秦清已经年近古稀，无心政事，由秦素监国。秦素开始推行现世中张肃卿的新政，包括针对吏治的考成法，以及针对天下士绅的摊丁入亩和官绅一体纳粮制，此举自然引起无数人反对，秦素任命心腹为青鸾卫都督府左都督，掀起大案，株连达数万人之多，家产悉数抄没入公。
与此同时，秦素又修改税法，增加商税。
早在
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