共一千人，设校尉。校尉为军队中级军官，但在三国时期，立下卓越战功的人通常会被封为将军的头衔，因此校尉也就成为低级军官的职位。
将军，顾名思义，就是统帅军队的意思，是古代一种很常见的官职称谓。将军在汉代被规范成为常设职位，为军队中的高级军官。
将军可分为“重号将军”和“杂号将军”两种。“重号将军”是可入朝参政并开府理事的常设职位，又被称为“中朝将军”；而“杂号将军”多为应对临时征战所设立的，也可称为“征讨将军”。
东汉末年，根据级别的不同，大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军、征（东南西北）将军、镇（东南西北）将军、平（东南西北）将军、前将军、后将军、左将军及右将军是通常设有的将军职位。骠骑将军、车骑将军、卫将军及诸征、诸镇将军资深者可被晋升为大将军。
不过，雷云所采取的军制却是略有不同。他将军队的编制确定为师、营、亭、旗、队、列六个等级。每师下辖三营，除去医师、马夫、火夫等，满员三千人，上限三千六百人，设统兵将军、副将、中郎将各一名；营下辖三亭，共一千人，设校尉；亭下辖三旗，共三百三十人，设亭长；旗下辖三队，共一百一十人，设旗长；队下辖三列，共三十六人，设队长；列辖十二人，设列长（又称列头）。这种类似后世的编制，被他略作改动后力排众议地推行出来。
接著，他十分严格的划定了辽东军的军种，并且增设水师，使辽东军的军制趋于完善……
如今，辽东军建立起来的军种已有四类，即豹师、鹰师、虎师与水师，四类军种均已初具规模。
豹师，即步军，因雷云以豹子作为其标识，故由此得名。豹师为辽东军的基本军种，一个步军师亦成为一支豹师。
鹰师，即马军，以飞鹰图腾作为其象征标志，为辽东军的基本军种之一。
虎师，特殊军种，以猛虎图腾作为其象征标志，兵士多源于豹师与鹰师，精通日战、夜战、车战、马战等各种陆战战法，为辽东军的精锐军队。
水师，即水军；以蛟龙图腾作为其标志，为辽东军的基本军种之一。
此外，为了更好的应对未来形势的变化与发展，雷云又从全军之中挑选了部分精明强干且武艺精良的将士，成立了两个专门的情报特务机构——神机卫与内卫，用以捍卫和巩固刚刚取得的战果。
就眼下而言，辽东已有十二支豹师、四支鹰师、两支虎师和两支水师，再加上虎贲
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