将麻贵调往辽东，钟南也是没有办法。他一直很忌惮努尔哈赤，可是辽东却是李成梁的地盘儿。按原本时空中的历史进程，正是李成梁对努尔哈赤的一味纵容，才导致了后金的建立和逐渐强大。
如今李成梁虽然闲赋在家，可是仍然掌控着辽东的大小事务。只要他愿意，扶持李如梅或者李如柏坐上辽东总兵的职位，也是有可能的。
对于李成梁这样的强势人物，钟南丝毫不敢小觑。所以对于新任的辽东总兵，除了得有很高的军事素养外，还得是钟南一系的人马，而且忠诚度较高之人。按照这个标准，选来选去，也就只有麻贵才符合要求。
为了对付李成梁，钟南还将熊廷弼安排到了辽东，一来可以让他跟着麻贵学习，争取早日独当一面；二来就是熊廷弼是文官出身，相对来说，心眼儿要活泛得多，他和麻贵的组合，可以发挥出更大的作用。
麻贵和熊廷弼出发前，钟南特意将两人叫来，仔细叮嘱了一番。主要内容就是：多多留意努尔哈赤的动向，有异动必须上报；对方如果有对大明不利的行为，一定要加以干预或制止；想法设法阻止对方强大起来……
会谈持续了两三个小时，基本上都是钟南说两人听。好在两人是钟南的嫡系人马，并没有过多询问原因。
第二个大动作，就是形成了正式的水师部队编制。虽然之前福建、浙江、广东等地，都有水军，却并不是独立的军种。
通过露梁海战一役，以及钟南的劝说，皇帝才认识到水师部队的重要性，于是让兵部组建单独的水师部队。
钟南将水师暂时分为两部分，东海舰队和北海舰队。东海舰队由陈璘掌管，负责的海域主要是广东、福建一带；而北海舰队由俞咨皋掌管，负责的海域主要是山东和辽东一带。
俞咨皋是抗倭名将俞大酋的独子，之前一直在福建任参将，负责水师部队的操练。这个人选还是陈璘给推荐的，否则钟南哪里能知晓这样一个将门之后。
两大舰队的最高长官，就是水师总兵，官阶同样为正三品，和其他军队的总兵是一样的。
第三个动作，就是重新核定各地的兵力，严厉打击“吃空饷”的恶习。
按照兵部的定额，大明军队当有兵员超三百万人，可是按照宋应昌的调研，实际上只有八十余万人。算下来，“吃空饷”的兵员超过七成。据说有的地方，缺员更是超过八成。
想要改掉军队的这个恶习，虽不是一朝一夕的事情，不过，却得到了皇帝的大力支持。
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