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在武夷山自然保护区这方动植物的“天然避难所”里，目前已知植物3728种，如珍稀的鹅掌楸、银杏、南方铁杉、武夷蹄盖蕨、880年的宋桂、980年的南方红豆杉等。其列入(中国植物红皮书)的珍稀濒危物种达28种，冠以“武夷’’种加词的就有20多种，如武夷铁角蕨等。目前已知的动物种类有5110种，其中：哺乳纲71种、鸟纲256种、鱼纲40种、两栖纲35种、爬行纲73种、昆虫4635种。列入国际(濒危物种国际贸易公约)的动物有46种。中外生物学家把这里喻为“研究两栖爬行动物的钥匙”、“鸟类天堂”、“昆虫世界”、 “蛇的王国”。
早在19世纪中期，英、美、法、德的生物学家就到这里采集了大量的标本，如今在伦敦、纽约、柏林、巴黎等著名博物馆中仍有保存。 世界遗产评定专家认定，武夷山不但自然遗产具有独特、珍贵价值，而且其文化遗产具有突出、普遍价值，能为已消逝的古文明古文化传统提供独特的见证，且与自然遗产紧密结合、相辅相成，是极其可贵的。
武夷山是朱子理学的摇篮，是现今世界研究朱子理学的基地。朱熹从14岁入闽北至71岁逝世，在武夷山从学、著述、讲学、传教长达50多年，终成理学之集大成者，是我国古代继孔子之后的最有影响的思想家、哲学家、教育家。其思想作为封建社会后期的正统思想，统治中国700多年，不但在国内影响深远，而且传播至海外，成为朝鲜李朝500年的指导思想，以及东瀛朝野共同接受的学说，对西方国家思想界亦产生不同程度的影响。我国著名学者蔡尚思对武夷山与朱子理学的历史文化地位做了这样的评价： “东周出孔丘，南宋有朱熹。中国古文化，泰山与武夷。”
武夷山是距今2000多年的西汉闽越王城所在地。现今留存在武夷山东部的闽越王城遗址，占地48万平方米，是目前中国长江以南保存最完好的一座汉代古城址。它在选址、建筑形式和风格上独具一格，是中国古代南方城市的一个典型代表。目前已出土大量文物，并建有博物馆将之展出：漫步古城遗址，观赏珍贵文物，宛如见到当年兴盛的闽越国都城。
武夷山的文明史可以追溯到4000多年前，当时就有古闽人在武夷山劳作生息，绵延数千年之久。如今还存放在十多处崖洞中的“架壑船棺”，距今已有三四千年，是国内外发现的最早悬棺，是研究先秦及古闽人文化的珍贵遗物。云崖船棺，也是中国古文化之谜。 武夷山还有一个独特的文化现
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