特别是七月间朝廷下旨，将张焘斩首弃市，宋光兰也被杀了，而朝中对于剿还是抚的问题，已经最终拿定了主意，皇帝力主以剿为主，开始调集大军北上入剿孔李乱军，这时候徐光启和周延儒等当初主抚之人，都受到了圣上的呵斥。
甚至于一直主抚的兵部右侍郎刘宇烈也被朝廷罢官逮问，这就说明了事情的严重性，起初孙元化还指望着老师徐光启和周延儒等人能保住他，可是后来看时局的发展，这种希望是极为渺茫的。
作为登莱巡抚，他才是主事之人，这次登莱之乱，本身就该归结在他身上，由他背这个黑锅，更何况在孔有德叛乱之初，他又一门心思想要招抚，结果导致贻误战机，另外主抚的问题上，确实有很大的问题，最初朝廷派兵进剿，诸将都一门心思的指望着主抚，结果被孔李叛军打的大败。
叛军横扫登莱等地，造成登莱生灵涂炭，就连后来的山东巡抚徐从治，都被叛军乱炮打成重伤，以至于后来死在了莱州城之中。
所以他作为罪魁祸首，就算是当初跑回了京师，最终的下场也是可想而知的，肯定会被朝廷那些政敌大做文章，最终肯定也要被斩首示众，甚至于弄不好，还会落得袁崇焕当初的下场，被凌迟处死估计都是有可能的事情。
所以当了解了这些事情之后，孙元化对于孝天的想法开始转变了，他不知道于孝天为何会预料这么准，朝廷肯定会干掉他来泄愤，提前派人去把他给弄到了台湾岛，但是不管怎么说，于孝天算是保住了他一条命。
孙元化不是那种性情非常刚烈之人，完全可以之生死与不顾，要不然的话当初在登州城破的时候，他有一千个机会，可以自我了断，可是他最终还是选择了苟延残喘，被叛军所持之后被释放了，又想跑回京师之中寻求庇护。
孙元化这个人，对于生命还是相当看重的，于孝天某种程度上来说，算是他的救命恩人，虽然他并不认可于孝天这种做法，可是却也不得不承认，于孝天救了他的性命。
在孙元化抵达了淡水城之后，于孝天派人给他安排了一个独院单独安置，并且对外也没有公开他的身份，只是称其为先生，同时还给予了他相当的自由。
孙元化刚到淡水城之后，百无聊赖之际，想要出去走走看看这边的情况和风景，立即有人便安排他，并且派出专人保护他陪同他，到淡水各处观看这边的情况。
甚至连一般人不许进入的水力工厂，孙元化都获准进入观看了一番，当孙元化看罢了淡水这边的农业和工业发展
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