于孝当然不光是在科举考试方面进行改革，他在进行科考制度改革的同时，也令人选择了相当多的实用的书籍，令工部大力刊发，印制出大量的书籍，然后发放到各地供学子们购买阅读学习。
这些年来于孝在福建和台湾隐伏期间，就通过各种手段，从西方弄来了不少各学科的书籍，翻译过来进行了印刷，供给当初他在台湾等地设立的学校以及学生们学习之用。
现在孙元化被他从淡水弄回到了京师，在六部之外，又成立了一个教育部，直接把孙元化委任为了第一任教育部部长，**于六部之外，专司负责教育方面的事情。
原来的京师国子监和南京国子监则都归入教育部之下，专司培养有用的学生，原来国子监之中的学生，择优留用，其余的遣散回乡，从福建和台湾等原来他成立的各种学校之中，录取了一大批年轻学生入国子监进行深造。
而国子监之中教学科目，也进行了大幅度的改制，取消了大量以前所学的东西，重新开设了很多课程，其中既有几何代数又有一些机械、化学、物理方面的学科，还有行政管理等学科，所学的东西比之以前国子监设立的科目要丰富很多倍。
至于师资方面，由孙元化负责寻找，他的三个儿子在很多学科方面，都有很深的造诣，全部进入国子监任职，称之为教授。
另外一部分以前在台湾各地传教的有扎实学问根底的传教士，也被特准移至国子监之中任教，特准他们在监管之下，教学之余，在京师和南京两地建立教堂进行传教，同样要求不得他们在国子监对任何学生宣传他们的教义，否则的话便将其逐出中国。
教会方面得知消息，高兴的屁颠屁颠的，因为他们长期和于孝合作，发现于孝并不十分抵触他们传教的事情，算是一个亲教分子，虽然他拒绝入教，也决不许任何家人军人入教，但是却一定程度上允许他们在地方传教，虽然要对他们监管，设定了很多规矩，使得他们无法敞开了传教，但是这已经让他们相当满意了。
现如今于孝登基称帝，成了大中国的皇帝陛下，有这么一个亲教的皇帝支持，他们认为以后在中国传教，将会是一帆风顺的事情，所以对于于孝的要求，他们绝对不敢不答应，倾其所有想尽办法从欧洲搜罗具有相当高学识的教士，前来中国传教，并且在国子监之中兼职任教，传授各种他们所学的知识。
甚至于于孝对教会提出，连带一些被教会认为是异端学而准备加以迫害，甚至已经准备处死的一些学者，他也要，将他们尽数
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