自1526年起，波希米亚开始处于哈布斯堡王朝的统治之下。
鲁道夫二世在位时(1576-1612年)，再次将神圣罗马帝国的首都设在布拉格。
他除了热衷于占星术和魔法，同时也热爱艺术，使得布拉格成为欧洲的文化之都，聚集了开普勒等一批天文学家、画家。
1617年，天主教徒，皇帝斐迪南二世登基，决意不再容忍新教徒。
1618年，布拉格再次发生掷出窗外事件，引发了三十年战争。
1621年在城外不远处进行的白山战役中，捷克军队战败，27名新教徒贵族在老城广场被处死。
1648年，瑞典军队攻占并洗劫了布拉格，神圣罗马帝国皇帝将宫廷迁往维也纳，此后布拉格进入一段萧条时期，城市人口也从战前的6万下降到2万。
1689年的一场大火烧毁了布拉格，随后该市得以重建。
在18世纪，该市经济持续上升，到1771年拥有8万居民，其中有许多是贵族和富裕的商人，在城内兴建了许多宫殿、教堂和花园，它们普遍采用装饰华丽的巴洛克风格，在全世界赢得了声誉。
1784年，原来的四个自治镇--城堡区(Hrad?any，位于城堡西面和北面)、小城(Mala Strana，位于城堡南边)、老城(Stare Město，亦位于城堡东边，与城堡区隔河相对)和新城(Nove Město，位于东南方)，正式合并为一个城市。
1806年，根据拿破仑的命令，神圣罗马帝国解散了，皇帝弗兰西斯二世放弃神圣罗马皇帝称号，改称奥地利皇帝弗兰西斯一世。
1848年革命震撼了整个欧洲，同样也震撼了布拉格，但被猛烈的镇压。
第二年，捷克民族主义运动(反对另一个民族主义政党，统一日耳曼)开始兴起，直到在1861年在市议会中赢得多数。
19世纪，布拉格城市继续扩张。
1850年，犹太区(Josefov)并入布拉格市。
1883年，布拉格市又添加了高堡(Vy?ehrad)区。
工业革命对布拉格产生了巨大影响，这是因为附近地区有煤矿和钢铁工厂，对开设工厂很有利。
波希米亚成为奥匈帝国境内最富裕的地区。第一个郊区Karlin形成于1817年，20年后人口就达到10万。
1842年，布拉格兴建
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