主机也进行更新。
，也更新了运算核心，也就是说除了蓄电池动力系统和“鱼群”对外通讯系统改造外，整艘潜艇的电子系统完成了更新。
现在军方基于战区联合作战战术系统非常成熟，配合中华神盾开发的海空一体化作战系统在SAL开发的G3系列新超级小型机上运行速度很快，单纯看运算能力，新的G3小型机运算能力比起潜艇老系统来说提升了不止一个数量级。
更为重要的是从中华神盾系统研发中使用的全新声呐智能分析引擎，让声呐系统的运作完全脱离人工判断阶段，新声呐智能分析引擎不但分析准确度比人工判断更高，而且反应时间更是不在一个数量级上，有了这个东西后，就可以实现潜艇观测瞄准和攻击一体化，这就让039改造型实验艇的自动化作战能力得到了极大的提升。
虽然从前期理论分析上看，进行现代化改造后的潜艇战力有了极大提升，大家对此寄以厚望，但是究竟结果怎么样，没有进行实战演练谁都没底。
这次新老潜艇的对抗演习的作战区域是在一个大约6万平方公里海域展开，时间是24小时，改造后的新潜艇充当进攻的蓝军，作战目标是在这个演习海域内生存24小时或者将红军潜艇全部击沉，而充当红军任务的4艘039潜艇则需要在24小时内找到并消灭蓝军，同时两架反潜直升机将在演习海域上空执行反潜侦察任务，同时实时无差别的将侦察结果向红、蓝双方潜艇演习区域发送，充当反潜预警机的角色。
对于执行“猎杀”任务的红军来说，这显得有点不公平，不过由于对抗双方力量悬殊，在4比1的情况下顺便测试一下新潜艇的空海一体化作战的威力也说得过去，所以这次还特意选择在一个150公里宽，400公里长的狭长海域进行演习，这样反潜直升机就可以有效控制住整个海域浅水区域潜艇的活动。
除此之外，蓝军潜艇还不得采用停机方式躲避，此外演习指挥部就再不设预案，任凭双方自由发挥。
演习，首先由担任蓝军的039改进实验艇提前出发进入演习海域，在深潜之前报告就位后，放出了“鱼群”通讯系统，此后红军的4艘039潜艇就开始出动。
负责演习区间反潜侦察任务的南海舰队两艘中华神盾-II型驱逐舰，则早已在演习海域准备就绪，蓝军潜艇深潜后，他们很快就将反潜直升机放出，开始对演习区域进行反潜侦察作业。他们很快侦察到了高速行驶进入演习海域的4艘039潜艇，对于这种半潜状态的03
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