九州府兵声势浩大而来，却兵不血刃而去，杜行敏抓获李佑，绕城而示众，关押于王府东厢，齐州之乱由是平定，李勣领军入城，各自抚民，一边上表奏闻，一边押解了李佑，送至长安，同党四十余人一并诛杀，吊于城头示众，其余人等既往不咎，齐州民众由是降服安定。
李勣带着徐真和杜行敏等一干有功之臣，入朝觐见，圣人不悲不喜，平了叛乱，却又少了一个儿子，加上太子之事，忧烦未消，也无甚宽慰可言，但未免寒了人心，还是授杜行敏为巴州刺史，封南阳郡公，其余诸人皆有赏赐。
这李佑性格乖张，颇为圣人不喜，朝堂之上仍旧自恃血统，笃定了圣人不敢杀之，李世民正为李承乾生死所扰，受不得李佑的气，遂以谋反之罪，贬为庶人，赐死于太极宫内省，盖因无子，国封尽除。
圣人到底宠爱太子，日夜牵挂却不得方法，如何也处置不下，遂将一干从犯作了处理，杜荷等人尽皆斩首，抄没家产，亲眷多有流放。
至于侯君集，圣人念顾多年旧功，亲至牢狱之中诀别，但言从龙多年，不忍刀笔吏辱之，侯君集回忆旧时光，悔恨难当，趁势替家人求饶，圣人一并赦免。
未过几日，侯君集授首，妻子得以赦免，流放岭南，而张亮、纥干承基等人检举有功，皆由封赏。
段瓒由于未参与过深，并未受到牵连，其父病危之时，圣人尝亲**问，打算封段瓒，其父却请求将官职转封叔父段志感，大抵段公有先见之明，才不使儿子深陷权争之泥沼。
及段公病逝，追赠辅国大将军，扬州都督，谥号庄肃，并陪葬于昭陵，段瓒此番也得了封赏，远离了长安。
连那贺兰楚石，都因为在受审期间，主动揭发了侯君集的罪行，而获得了赦免，谋反一案尽数清算，唯独太子之事，终无定论。
圣人将其幽禁别室，召见司徒长孙无忌、司空房玄龄、特进萧瑀、兵部尚书李勣、中书侍郎岑文本、谏议大夫褚遂良等以参，然无人敢提议。
事皆明验，线索清晰，按律当诛，圣人自是心知肚明，然太子之所作所为固然使得圣人失望，可毕竟是圣人疼爱的长子，为了将其培养成合格的储君，圣人可谓费尽了心血和精力。
圣人终究是丢不下爱子，奈何圣人执法自律，总不能公然抗法，所谓天子犯法与庶民同罪是也。
诸多臣子深谙这份父子情谊，然又各怀鬼胎，如长孙无忌之流，有大野心，早想着扶植晋王李治，岑文本等又看好魏王李泰，都恨不得彻底将太子
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