祯二年，1629年）十月至天聪四年（明崇祯三年，1630年）正月，皇太极在明朝关宁锦防线难以攻克的情况下率军从蒙古突入内地，攻打北京失利，史称“己巳之变”。但施反间计除掉了明蓟辽督师袁崇焕。皇太极继位后，顺应历史发展趋势，促进了后金政权的封建化进程。皇太极本人有很好的文化素养，这时他推行了振兴文教的措施。天聪三年（明崇祯二年，1629年）首先提出“以武功戡乱，以文教佐太平”，一改其父努尔哈赤屠杀文人的政策，并于当年进行考试，选取了满、汉、蒙古生员二百人。[32]他已认识到发展文教对治理国家的重要性，说不能认为不读书不会误事。规定从天聪六年（明崇祯五年，1632年）起，凡贝勒大臣子弟年十五以下，八岁以上，俱令读书。[33]他派人丈量土地，将“各处余地”归公，发给民户耕种，不许旗主、贵族再立庄田。又把原来每13名壮丁编为一庄改为每8名壮丁编为一庄，“其余汉人，分屯别居，编为民户。”并下令编审壮丁，解放部分奴婢为编民。这些措施，使满族贵族的特权受到一定制约，有利于发展农业生产。他极力学习汉族文化，命儒臣翻译汉字书籍。
天聪六年（明崇祯五年，1632年）正月初一日的元旦朝贺中，皇太极接受礼部参政李伯龙之建议，废除“与三大贝勒俱南面
八团龙朝袍的皇太极
八团龙朝袍的皇太极
坐”、共理朝政的旧制，改为自己“南面独坐”，突出汗位独尊地位。[34-35]继而寻机削除异已，铲除了威胁汗位的三大贝勒势力，使汗权得到巩固。仿明制，设内三院，六部，“停王贝勒领部院事”，独主政务。又设都察院和理藩院，建立起一套较为完备的国家机构。
天聪七年（明崇祯六年，1633年）六月初二日，皇太极在一次讲话中谕令将士对新附之众，“一切勿得侵扰”。[36]在皇太极影响下，明将孔有德、耿仲明、尚可喜等纷纷归降了后金。皇太极率诸贝勒出迎至浑河，行抱见礼，以示优隆[37]。孔、耿不仅带了一万二千多精壮官兵及红夷大炮等，而且加速明朝的辽东海防的瓦解。[38]之后不到四个月，明镇守广鹿岛的副将尚可喜就步了孔、耿后尘，皇太极称赞他“识时势之向背”，“残破海防，实为我功”。[39]到天聪七年（明崇祯六年，1633年）马光远统领汉兵时，实际形成了一个汉军旗，满语叫乌真超哈。[40]孔、耿、尚所领兵也是汉军。在此之前，蒙古旗兵也已形成。天聪八年（明崇祯七年
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