随着忍界联军的正式成立，众忍者们开始迅速地组建起相应的职能部门！
以五影为首，在铁之国建立了忍界联军大本营，负责处理汇总的情报，完成各国忍者的调度工作！
以木叶奈良鹿久为首，建立了忍界联军的指挥部，负责协助五影分析当前战况，研究并制定相对应的战略方针！
以千手纲手为首，组建了忍界联军的医疗部，负责治疗战争中负伤的忍者，并给予战斗中最大限度的医疗保障！
以照美冥为首，组建了忍界联军的后勤部，负责供给和补足战争中消耗的物资，给予忍界联军最大的物质保障！
以木叶日向一族和油女一族为首，组建了忍界联军的侦察部，负责侦察和掌握敌军动向！给予忍界联军视野和情报上最大的支撑！
以铁之国三船为首，组建了忍界联军的突袭部，负责配合侦察部完成突袭行动！是忍界联军在战场上的机动部队！
以四代目雷影艾为首，组建了忍界联军的强攻部，负责对前线的敌军展开猛烈的连续强袭！确保了忍界联军在前线战场的冲击力！
以宇智波止水为首，组建了忍界联军的奇袭部，负责深入敌军内部，对敌军根据地薄弱处展开毁灭性的打击！最大限度地干扰敌军部署！
以大蛇丸为首，组建了忍界联军的斩首部，负责狙击敌军强力忍者，对敌军有效战力造成沉重的打击！确保忍界联军局部实力占优！
以各大国大名为首，组建了忍界大名护卫部，负责保护大名的人生安全，同时负责协同忍界联军进行各种军事行动！
在包含了以上众部的前提下，忍界联军划分为5支大部队，每支大部队2万人，由各自的大队长带领，奔赴战场的前线！
一大队大队长：两天秤大野木！目的地，霜之国与泷之国交界处！职责：阻止敌军侵入霜之国！
二大队大队长：我爱罗！目的地，火之国与川之国交界处！职责：阻止敌军侵入川之国！
三大队大队长：自来也！目的地，火之国与雨之国交界处！职责：正面抗衡入侵敌军！
四大队大队长：四代目雷影艾！目的地，火之国与草之国交界处！职责：正面进攻！收复失地！
五大队大队长：照美冥！目的地，水之国！职责：护卫各大国大名，以及为前线传输足够的后勤补给！
在旗木卡卡西的强烈建议下，御姐鼬代替了宇智波佐助入驻忍界联军大本营，负责统筹调度整个忍界联军
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