次日，朱慈烺连下数道圣旨。
因为马士英告老辞官，兵部尚书一职空了出来，朱慈烺第一道圣旨便是任命李岩为兵部尚书。
第二道圣旨，朱慈烺任命吏部尚书钱谦益为新一任首辅。
第三道自然就是推行军制革新的圣旨，朱慈烺让李岩牵头，刘宗周和钱谦益从旁辅助，共同推行革新。
朱慈烺这几道圣旨都是有自己的考虑的，军制革新最重要的便是兵部，想要推行，就必须要兵部全力配合，而李岩是最合适的人选。
至于升任钱谦益为首辅，那是因为朱慈烺考虑到平衡，满朝文武，有一半的人反对军制革新，若是这些人真个团结在一起，也是一股不容忽视的力量，会给革新带来很大的阻力，钱谦益就是分化他们的一颗老鼠屎，因为钱谦益是随同马士英和黄道周一起反对革新的三位阁老之一，但立场并不是那么坚定，如今马士英告老，反对革新的一方就只剩下钱谦益和黄道周，而因为钱谦益成为了首辅，自然不可能由黄道周领头，以钱谦益不坚定的立场，以及有些拖拉的行事方式，黄道周必然孤掌难鸣，难以成事。
果然，因为钱谦益不坚定的立场，革新虽然遇到一些阻力但还是能有条不絮的进行。
开弓没有回头箭，一旦革新进行到一定程度，黄道周等人就算在反对，也没有用了，还会为了稳定局面，不得不无奈配合。
历朝历代，任何一次改革都必然会造成一定的混乱，朱慈烺这次的军制革新也不例外。
卫所制度最主要的便是军屯，军户有自己的土地，但这些土地全部都是属于朝廷所有的，卫所一旦取消，军户便不在是军户，理论上自然不能在耕种朝廷的土地，如此倒是引发了一些混乱，不过随后朱慈烺下旨将以前军户的土地全部无偿分配给军户，立刻便将混乱压制下去。
另外的混乱则是来自于军户当中那些有军职的百户，旗总之类的人们，这部分人非常庞大，大明军队并非每个百总手下都有百人，甚至许多百总手下只有十几人，有些旗总更是光杆一个，但不妨碍他们有军职在身，而朱慈烺的常备军和守备军一旦确立，不可能安置得下这么多原先卫所里面百总旗总之类的基层将官，这些人的去留立刻就成了问题，若是安排得不妥当，造成的混乱同样不好平息。
朱慈烺与李岩等人商议过后，决定以多发田产和补偿一些银两为利，安抚这些人，如此一来，虽然还有人不服，不过到底已经是极少数，翻不起任何大浪。
当解决了这些事
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