纪逝世，达赖以大门徒身份，继承为喇嘛教教主，班禅以第二门徒身份充当副教主。从此之后，就实行化身（呼必勒罕）统治。十六世纪时，那位使明『政府』招架不住的蒙古俺答可汗，曾恭迎达赖三世到青海讲道，蒙古人从那时候起，开始接受黄教。数十年前，四卫拉特之一的蒙古和硕特部领袖固始汗。从天山北路侵入青海（青海省）与喀木（西藏东部及四川省西部）。这时候，达赖、班禅同住在前藏的首府拉萨城，而仍信奉红教的土王之一的藏巴汗，居住在后藏的首府日喀则城，跟黄教对抗。达赖宗教『政府』的最高执政官（第巴）桑结，向固始汗请求援助。固始汗接受这个邀请，出兵把藏巴汗杀掉，把原属于藏巴汗地后藏土地，奉献给教主。于是达赖仍住拉萨。而班禅则迁到藏巴汗所住的日喀则。固始汗大功告成之后，返回青海，留一个儿子率领蒙古军队，驻防拉萨。
后来，达赖五世逝世，桑结秘不发丧，仍用达赖的名义，为自己向康熙请求封号，康熙不知道内情，就加封桑结为土伯特国王。后来，事情败『露』，桑结又急急忙忙找了一位名札阳嘉穆磋的灵童宣称他就是化身，举行坐床大典。桑结向清廷报告说，他秘不发丧的目的只不过为了安定民心。康熙自然知道他是在胡说八道，但因为自己也有不少事情没有解决，便没有追究。
当时，西藏的政治形态是：三巨头并立。土伯特国王桑结主持行政，喇嘛教主达赖六世主持宗教，和硕特汗国王子拉藏汗主持军事。
不过，这西藏的“三驾马车”，相互制衡的同时也有着严重的冲突。并且，很快便表面化。拉藏汗对桑结国王事先没有征求他地同意，就确定谁是达赖化身，大不满意，对外宣称他将抵制到底。桑结认为拉藏汗不服，担心自己地地位受到威胁，决定把拉藏汗毒死。拉藏汗得到消息，先下手为强，一七〇五年，发动突击，想把桑结杀了，结果桑结见机的快，提前逃脱，并找到一伙忠于自己的军队，与拉藏汗进行了一场争夺。结果，这个时候，固始汗过逝，青海地统治者之位虚悬，被一直虎视眈眈的阿拉布坦得到机会。于是，准葛尔大策零敦多长途奔袭，趁机拿下了青海。后来，拉藏汗打败了桑结，又囚禁了达赖六世！不久，达赖六世病故，拉藏汗又另觅达赖化身，在博克达山（新疆吐鲁番北博格多山）找到一个名伊西嘉穆磋的孩子，举行了坐床大典。
而此时，已经占据了青海的策妄阿拉布坦却不允许拉藏汗继续当他的西藏王了！国家的利益高于一切！哪怕阿拉布坦跟拉藏汗有亲上加亲的婚姻关系（
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