到洪武十五年，朱元璋感觉废除丞相给皇帝带来的种种弊端，经过深思熟虑后，仿照唐宋旧制，设置华盖殿、武英殿、文华殿、文渊阁、东阁诸大学士，以其常授餐于“大内”(天子宫殿之内)，常侍皇帝“殿阁”之下，起宰辅的作用，为避宰相之名，故名为“内阁”(见《明史； 职官志》)。
自此，内阁在明朝正式落户，但当初内阁的权利并不大，有点内似唐朝的翰林学士，品秩为正五品，其主要权力只是顾问。
靖难之后，朱棣从侄儿手中夺取了江山，他虽没有朱元璋一样独揽大权的雄才伟略，但一次又一次的御驾亲征让他不能真正意义上地总揽政事（想象一下从京师到漠北运送文书的荒谬），于是一个帮助皇帝的“助手”机构——内阁应运而生。 明成祖即位后，特派解缙、胡广、杨荣等入午门值文渊阁，参预机务，称为内阁。内阁制度至此建立。
在明成祖掌控之下，内阁与六部各司其职，国家最高行政命令从紫禁城发出，通过全国1936处驿站，全长143700公里的驿道，层层下发到帝国每一个角落。
然而，“阁臣之预务自此始，然其时，入内阁者皆编、检、讲读之官，不置官属，不得**诸司。诸司奏事，亦不得相关白。”也就是说：内阁此时仍然只是皇帝的私人秘书，不是权力机构。
内阁真正进入权力中心的是从明仁宗朱高炽开始，明仁宗朱高炽，因杨士奇、杨荣等为东宫旧臣，升杨士奇为礼部侍郎兼华盖殿大学士，杨荣为太常卿兼谨身殿大学士，之后杨士奇、杨荣等人均兼有尚书职位，虽然身居内阁，其头衔均以尚书为尊。自此，内阁权力加重，逐渐受到重视。
到他儿子明宣宗时，内阁权力开始上升，杨士奇、杨荣、杨溥（三杨辅政）形成了更为完善的政务流程：全国大大小小的奏章，甚至老百姓给皇帝提出的建议，都由通政使司汇总，司礼监呈报皇帝过目，再交到内阁，内阁负责草拟处理意见，再由司礼监把意见呈报皇上批准，最后由六科校对下发，至此，明朝的内阁算是进入了权力的中心。
明代宗朱祁钰的景泰年间，王文以左都御史进吏部尚书后进入内阁，自后后，诰敕房、制敕房俱设中书舍人，六部承奉意旨，内阁权力更大。
其间虽有明英宗朱祁镇的正统末年的反复，可到成化年、弘治之际，内阁在已经成为足以对抗皇权的文官政府代表。
正德年间，明武宗朱厚照所行之事被认为多荒谬不经。可也有有杨廷和等干练之臣掌握内阁
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