除去齐泰、黄子澄为由，起兵靖难，朝廷和燕王之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对峙。在叛乱开始的时期，燕王尚不占兵力上的优势。他的军队只有十万人；除了他的封地北京之外他也没有能够控制任何其他领土。南京的建文朝廷有一支三倍于燕王军队的常备军，拥有全国的经济，并且已经废除了几个藩国。但燕王的领导能力、高素质的军队却非朱允炆可比。随着战争时间的延长，朝廷指挥不当、兵力孱弱、内部松懈的缺点严重影响了战局。直至节节败退，许多将领投降了燕王。
建文四年六月，燕军渡江直逼南京城下，谷王朱橞与曹国公李景隆开金川门迎降，京师遂破。燕兵进京，在燕王军队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。当火势扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸，已经不能辨认，据太监说它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。朱棣登位后，就对建文帝的臣下展开血腥的屠杀，渡长江南下攻南京之际，齐泰正骑一白马在外办完公事返回京师，闻朱棣悬赏捕己，便以墨涂马，准备到外地组织兵马反攻，不意马汗洗墨，现出原形，被人认出，捉到京师问斩，全家除一六岁儿外无一幸免。黄子澄在嘉兴因人告密被捕，朱棣亲讯问，处以磔刑，族人不论老少一律斩首，姻亲全部充军，只有一儿侥幸留下，后改名田经，移居湖北。
朱棣即位前胁迫翰林院侍讲方孝孺起草诏书，方孝孺说：”死即死耳，诏不可书。”朱棣厉声喝问：”你难道不怕我灭你九族？”方孝孺说：”便诛十族奈何！”言罢拾笔疾书几字，朱棣一看竟是”燕贼篡位”四字，他令人按住方孝孺，以刀抉其口两旁至双耳，投入狱中，接着把方孝孺之外祖父、外祖母、姨表兄弟、岳父、岳母、姑表兄弟、外甥、外孙、本族以及学生的家族，总计十族搜捕入狱，每捕一人便带给方孝孺看，以便在精神上折磨他。最后捕到八百七十三人，全部杀死。十族中被谪戍边的尚不知有多少。
兵部尚书铁铉，被带进皇宫时背对朱棣面向青天，朱棣令其回头，铁铉不睬，被割掉耳鼻，又割了其肉，将肉烧过以后塞入铁铉口，朱棣连问”甘否？”铁铉答：”忠臣孝子之肉有何不甘？”最后被磔而死。户部侍郎卓敬，曾给建文帝上过密疏，说燕王占据北平，不能轻视，应封于南昌，易于控制。捕后朱棣问卓敬为何离间朱氏骨肉情谊，卓敬答说：”若先帝听我劝告，你还有今天吗？”朱棣怒，斩其首，灭其三族。
礼部尚书陈迪，城陷时在外督运军粮，返回京师被捕，朱棣即位之日他大骂朱
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