蹇义回南京，而黄淮先至北京下狱。此日，杨士奇与金问抵达，朱棣称：“杨士奇姑且宽恕了。我却不能识别金问，你怎么侍奉东宫的？”命法司逮捕询问。之后召杨士奇，问东宫的事情。杨士奇叩头称太子孝敬诚至，凡是出问题的都是臣等罪过。于是朱棣下杨士奇入诏狱。不久，特别宽恕并恢复原职。金问因词语牵连杨溥，杨溥也一同下狱。之后有人问朱高炽：“殿下你知道有人在谗言么？”朱高炽称：“我不知道，只知道做儿子的责任。”
永乐十三年秋九月，直隶盐城县有飓风，海水泛溢，伤民田二百一十五顷。太子命减少田租一千一百七十余石。之后朱棣回朝，结束第二次监国。
第三次监国，永乐十五年春三月，朱棣再次上巡北京，命吏部尚书兼詹事蹇义、翰林学士兼谕德杨士奇、侍读兼赞善梁潜辅佐太子朱高炽监国。同年七月，赐皇太子《务本之训》。太子监国时期，视朝之暇，手不释卷，被服宽博，如同儒者。
同年夏五月，朱棣杀赞善梁潜、司谏周冕。因为当时太子监国，朱棣不时生病，况且北京南京相隔数千里，小人多偷偷依附汉王朱高煦，屡次诬陷朱高炽。而当时侍从监国的大臣，朝夕惴惴不安，人都无法自保。当时有陈千户曾经擅取民财，事情被发现后，太子朱高炽令谪交趾立功。数日后，复念其军功，宽恕了他。于是又有人进谗给朱棣称：“皇上所谪的有罪之人，太子都曲意宽恕了。”朱棣于是逮捕陈千户杀之。并以梁潜、周冕，而一并逮捕下狱，均被处死。
六月，朱棣派遣礼部左侍郎胡濙巡江、浙诸郡，面奏后，朱棣称：“人们都说东宫多有政失，当今抵达京师后，可以多留几天，试图观察一些，然后密奏过来。‘奏’字需要大写，晚上到的时候我就会看的。”胡濙抵达京师后，随朝觐见并记录各种政事，并将其所见到的诚敬孝谨七事写入密疏呈上朱棣。朱棣读后大悦，于是自此不再怀疑皇太子。
永乐十八年秋九月己巳，北京宫殿修成，朱棣命户部尚书夏原吉召太子朱高炽、太孙朱瞻基在十二月终抵达北京。其在离开北京时，拜谒凤阳皇陵，并途径山东，恰遇饥荒，即令布政司发粟赈灾十九年，朱棣回南京，第三次监国结束。
第四次监国永乐二十年春三月，朱棣再次亲征漠北，同年秋九月，返回京师，期间朱高炽再次负责监国。
永乐二十一年五月，常山中护卫总旗王瑜举报，称：“常山中护卫指挥孟贤纠合羽林卫指挥彭旭等，举兵将推赵王朱高燧为主，而计谋不利于上及皇太子的事
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