角家家臣真光寺周扬、大原高贤、三井治秀等人见麾下军势士气低落，根本不愿与织田军交锋，就先后败走鯰江城，前去与六角义贤、六角义治父子合流。
柴田胜家在夺回失地后并不打算孤军深入，反而是下令坚壁清野，同时令左久间信盛、森可成等将麾下的骑马武士不断抄掠六角军的粮草辎重。
如今的六角军欲战不得，军粮又难以及时供给，军心很快开始动摇，不少人起了思归之心。
可以说此次六角义贤、六角义治父子几乎是押上了所有本钱，他们不仅招揽了不少旧臣，甚至还招募了不少浪人、尹贺众随其一起行动。
但是六角军并没有顺利攻落屯有大量粮草辎重的长光寺城，再加上他们的粮道还被织田军切断了。
不久之后，六角军粮尽，军营之中又疫病丛生，每天都有饿死、病死者。六角义贤、六角义治父子在万般无奈之下只得命永原远江守、真光寺周扬、大原高贤等人分兵对附近村落、城下町进行滥妨狼藉。
至于六角义贤、六角义治父子则是继续率主力前去包围长光寺城，并切断了长光寺城的水源。
长光寺城在被六角军切断水源后仅剩下三瓶水，但柴田胜家并没有因此而感到绝望，反而发觉破敌的时机已至，决定对士气低落、粮草告罄的六角军发起总攻。
三月十五日，大雨晦暝，柴田胜家不待织田信长所率的援军抵达，就打破城中仅剩下的三瓶水，并下令全军出阵。
柴田胜家本人更是一马当先，接连击溃六角军永原远江守、真光寺周扬、大原高贤等部，一时间六角军大溃，被讨取者更是多达两千人。
就连六角义贤本人在准备逃往鯰江城之时被森可成所擒，后被柴田胜家下令押送至岐阜城。
而六角义治、六角义定、六角贤永等六角一族则是侥幸躲过一劫，并在收拢残部后退入尹贺的深山之中。
柴田胜家在战后并没有因擅自主动出击被织田信长怪罪，反而以寡敌众击溃六角军以及生擒前任六角家家督六角义贤。随后，柴田胜家就被织田信长加封长光寺城周边九万石知行地，并担任南近江众旗头。
经此一役，柴田胜家获得了“瓶割柴田”的称呼。同时，六角家意图恢复南近江诸郡旧领的希望也彻底破灭了。
而这时的上杉家正忙于招抚离散、修缮御所，以及在原足利将军家奉公众中挑选一批贤能之人作为奉行众，并勉励督促山城、摄津、河内、和泉、纪尹等国的领民发展农业、丝织等
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