但不久就并入察合台汗国。又在阿姆河南岸曾设立行省，后并入伊利汗国。今迪拜一带曾设置别失八里行省，后一度被察合台汗国占据，后期重新成为元朝的辖地。
明代在西域处于退缩状态，在今克什米尔东北和藏西设置俄力思军民元帅府；1406年，又设立哈密卫，任用当地世族首领为各级官吏统辖当地军政事宜，维持商贸通道安全，对西域地区实施羁縻控制。洪武三年（1370年）察合台汗国灭亡后其后裔建别失八里，都城在别失八里（今吉木萨尔北破城子），永乐十六年（1418年）迁都亦力把里（今伊宁）。15世纪中叶，吐鲁番部强大，1472年，哈密等卫所一度被吐鲁番攻破，诸卫内迁，后复，1514年再度被并，明朝最后退守嘉峪关。明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国。元、明两代，西域各族人民为保卫和开拓祖国边疆、繁荣西域经济、发展科学文化技术，作出了卓越的贡献。
1840年的鸦片战争是中国近代社会的开端，鸦片战争以后，新疆和祖国其他地区一样，逐渐沦为半封建半殖民地社会。新疆各族人民反对外国入侵，反对分裂以及反对封建剥削压迫的斗争任务更为繁重。新疆同祖国的命运越来越密切。
王亚樵来到了迪拜说，这次你们做的很好，这样你也不要大肆扩军了这俩年就是发展经济改善这里人的居住环境，我们也不会派人来帮助你们来一起发展新疆，从今天开始新疆三年内不准向任何一个老百姓伸手，这一次我先带来一亿美金帮助你们发展新疆，我会派四十名的政务官帮你们处理新疆的事，你们一定要记住新疆不是某一个人的是整个新疆的老百姓的，还有就是我们的民族政策是很强的，你们一定要遵守，我们要尊重少数民族的风俗和习惯，你们这里一点钱我们还看不上眼，从今天开看始所有的当官的产业，我们给你们估价以后全部补偿给你们，我们的政策就是当官的就不要去做生意，这一点是原则。
新疆是个好地方，新疆粮食作物以小麦、玉米、水稻为大宗，全疆大多数地区均可种植，播种面积占粮食作物总面积的90%以上。伊犁谷地气候温和，雨水较多，土地肥沃，更宜谷麦生长，素有“新疆粮仓”之称。新疆的也以后有很大发展，阿克苏、米泉等地的优质大米洁如玑珠，质细味美。在新疆的粮食作物中，还有高粱、大麦、谷子、黄豆、豌豆、蚕豆等等。
新疆主要产品有棉花、油料、甜菜、麻类、烟叶、药材、蚕茧等，其中新疆棉花尤以质优而闻名全国，现在棉花产量37.5万吨
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