在出发之前，周淮安已经部分调整和明确了太平军的军事体系。主要是将岭外湖南、荆南境内的五万多人马，岭內的近三万人马，以及安南的七八千驻留部队。相对杂驳的从属关系，给重新归列成为一到八的主战军序和戍防、屯守的二三线序列。
大致由老营、新营、暂编营和补充营，驻队营等等，九十多个不同用途和职能所属的营头构成。其中除了只有训练任务的补充营和承当部分生产任务的驻队营以外，其他的老营代表得是野战精锐，新营代表的是正规战兵，暂编营则是用来吸收和改造兼并的别部义军所属。
按照规划，第一到八军序是作为具体作战和临阵指挥的编制。约莫配属六到八个不同职能的营头组成；每个军别设一个领军兵马使，以郎将衔领之，再设左右副将佐之。各领若干个（营）都尉和别将，（团）校尉、（旅）旅帅、（队）队正、（火）火长和（旗手）五头。
而在编列剩下的二三线驻队团和屯所巡护队，工程营造编制；则被按照区域分列为十几个级别次一等的重点防戍区，称之为守备使以都尉衔领之。作为二线的后方缓冲和对方镇压、肃清的重心地带。
至于日常的內务管理、后勤补给、装备维护和训练，人事考核、军纪纠检、宣教抚恤等等等，则统一还是由周淮安手下的太平军六曹三参协助总筹管理；同时与偏向政务方面的留守司，相关职能部门进行业务对接和协同。
这样的话，算是初步将军事和政务系统，军队的战地指挥和运营管理职能，机动作战力量和对方守备武装，给初步的区分开来而接近后世近代军队的发展方向。
下一步周淮安还打算将更加细化的军队参谋职能，也给独立出来而成为一个升迁体系；只是这就需要足够数量的合格候补人选，光靠随军夜校和后方的速成班，一时半会也还没法提供齐全。
当然了，目前情况下因为条件有限只编列成了一到五的序列。除了优先配备完成的第一第二军之外，其他三个军序其中还有相当部分营头是不满编的，而其中的第五军是专门的水军序列。相应的防戍区也只是在原有基础上成立了桂州、潭州、韶州、交州四处而已。
此外就是样子队、骑营、投火队、直属营、教导大队等几支掌握在周淮安手中的技术兵种和特殊编制。
等到大量的收编义军完成初步的改造和整训之后，这种情况就会有所大为好转；说到底眼下缺少的还是时间和更多发展的积累作为缓冲。然而接踵而至的敌人和其他外部因素的干涉，
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