成了一个差不多被架空的皇帝，他的许多主张都得不到有效实行，下面的大臣经常出现阳奉Ｙ违的情形。有些时候甚至在朝堂上和朱聿键争得面红耳赤，为了不失去群臣的支持，朱聿键往往也只能妥协。
于是，招安王自用和张献忠的事情因为遭到大臣的反对而被无限期搁浅。
凤阳巡抚兼南京户部尚书马士英在凤阳兵败后逃到庐州，后又逃到杭州、绍兴一带，继续组织兵力抗金。马士英得知朱聿键在福州称帝后，曾派人来表达愿意奉朱聿键为尊，请求朝见朱聿键。
朱聿键闻讯心里高兴，打算接纳马士英部，以增强抗金力量。然而，朝廷上许多文臣都表示强烈反对，礼部尚书黄锦、太常寺卿曹学佺等上疏力争。朱聿键只好下诏定士英为“罪辅”、“逆辅”，让他在江浙“图功自赎”。
朱聿键连近在身边的江浙一带的势力都没能掌控好，对于远在湖广和河南的墨家军自然更加没有什么约束力，只是为了拉拢墨离，朱聿键加封墨离为定国公，盼他用心为大明恢复故土，驱除鞑虏......
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