不仅把他在郑氏集团内部的其他一些隐藏力量交代了出来，转移给了洪承畴，此外还以他本人的名义公开表态，给朝廷上了个谢罪折子，表示自己之所以做了这样的错事完全是因为郑芝豹的挑唆，如今他后悔莫及，更知铸下大错无可挽回，为此上书朝廷，自请去职，闭门思过，以求得朝廷的原谅。
最终，朱慎锥同意了洪承畴的建议，以陈豹之死为罪名，革去了郑芝龙福建水师提督之职，但考虑到郑芝龙是受了小人蒙蔽，不是主谋，其龙虎将军的军衔和爵位依旧保留，令闽浙总督衙门送其来京，在京师择地居住闭门思过。
至于郑芝豹就没那么容易了，作为“主谋”郑芝豹的下场可不像郑芝龙这样，不仅全部职务军衔没了，还因为犯了谋害朝廷命官，擅杀大臣的罪名判了个“斩监候”，押解至京师诏狱看管。
以后郑芝豹是杀还是流放，这要看福建那边的情况变化。
而随着郑芝龙和郑芝豹兄弟此事的尘埃落定，郑氏集团的势力就此分崩离析，内部实力派各自为据，洪承畴也就有了机会直接从中下手，慢慢分化，最终在朝廷的旨意下用掺沙子、调任、重新整编等各种手段逐步拆散郑氏集团的力量，等到那时候庞大的郑氏集团就此烟消云散，再也不足为患。
郑芝龙的问题终于解决，这让朱慎锥心中的一块大石也算落了地。解决了此事后，东南就没有了隐患，而洪承畴也能以闽浙总督的身份主持后续征讨小琉球的荷兰人，从而收复此地。
荷兰人当初之所以能盘踞在小琉球，并在岛上修筑城池，奴役岛上居民其根本原因就在于郑芝龙的故意放纵。要知道凭借郑芝龙的实力，小琉球就在他的眼皮子底下，离着厦门仅咫尺距离，没有他的允许荷兰人就算再强也不可能做到这个地步。
而事实也是如此，前几年朱慎锥就让福建巡抚和郑芝龙尽快想办法攻打小琉球，以武力驱逐岛上的荷兰人了。可郑芝龙一直阳奉阴违出工不出力，从而导致这些荷兰人依旧在小琉球盘踞，其势力不仅没有减弱，反而越来越大。
现在既然解决了郑芝龙，初步掌控了福建水师，那么小琉球一事就必须要解决。只有把荷兰人驱逐出去，甚至彻底剿灭，那么小琉球才能被朝廷所收复。而且小琉球的地理位置极其重要，这个地方遏制住了大明南海要地，是南北来往的重要海上通道。
如果小琉球继续在荷兰人手中，那么这颗钉子就死死遏制住了大明的海上要道，这对于大明掌控周边海域是极为不利的。
朱慎锥
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