军事委员会最终决定坚守南京，并希望能固守“3个月乃至1年”；
11 月 26 日，军事委员会记录中:
“南京孤城不能守，然不能不守，对上、对下、对国、对民，殊难为怀也。”
但军事委员会也清楚，在日军的军事优势下，计较一城一池的得失并不划算，
“南京守城，非守与不守之问题，而是固守时间之问题···只可希望较短时间之防守。既作短时间守城之望，则不必将全部之基干部队，全部牺牲，须预为撤退之掩护”。
“若是至不得已放弃南京时，各防守部队撤退，得有掩护。”
对此，南京守卫司令部也非常明白：
“南京是我国首都，为国际观瞻所系，又是陵墓所在，如果放弃南京，将何以对将士在天之灵？”
军事委员会深知南京难守，但又不得不守。
在做出“短期固守”南京的决策后，军事委员会迅速行动，以南京4个师的守备部队为基础，另外还调集了11个师增援南京，随后，南京守城兵力增达15个师，共计15万人。为了表示长期抗战的决心，国民政府也做了两手准备：当时，一方面积极备战，另外，11月20日，国民政府正式宣布迁都重庆，在一份就迁都致军内各级长官的密电中，“宜抱破釜沉舟之决心，益坚最后胜利之自信，寸地尺土，誓以血肉相撑持，积日累时，必陷穷寇于覆灭。”
而从军事和政治的双重角度来说，国民政府当时的两手准备也比较明智，但战局，很快就超出了军事委员会的预料。
11月18日，“如此严重之守城工作，其体力似不胜任。予今日两次用电话与商NJ市民救济事宜，彼均在就寝，从可想见。”
后来回忆说，虽然有爱国热情，但当时已长期没有带兵，缺乏实际作战经验，也没有驾驭现代战争与指挥大兵团作战的能力；且在来路复杂的各路守城部队中，缺乏威望；加上身体很差，甚至连亲临战场视察，都已无法做到。 4大战一触即发。
11月27日，召开中外记者会，并强硬表示：
“本人奉命保卫南京，至少有两件事有把握：
第一，即本人及所属部队誓与南京共存亡，不惜牺牲于南京保卫战中；
第二，此种牺牲定将使敌人付出莫大之代价。”
尽管爱国热情高涨，但实际行动与能力，却与这场首都保卫战最高军事长官的身份，严重失称。
12月
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