将整个南直隶残余的地区的指挥系统彻底破坏，使得南直隶剩下的那些官府控制的地区，都陷入到了群龙无首各自为战的境地之中，同时也给南直隶乃至天下的官府乃至官军一个最为严重的打击，官军和刑天军的兵力在这个时候已经彻彻底底的被逆转了过来，所以不管是在兵力上还是士气上，南直隶各处在南京城被破之后，都已经失去了和刑天军对抗的基础了。
也就在南京城被破没几天时间的九月底，滁州便在李栓柱率部抵达城下的时候，宣布了开城投降，十月初六刑天军水军运送大批兵将配合刘耀本所部的主力兵抵扬州城，这个时候扬州知府任育民誓不投降，率领扬州城中近万守军跟刘耀本所部对抗，总兵庄子固更是率部夜间出城对刘耀本所部进行夜袭，但是因为刑天军提前的宣传，扬州城中的军民倒是对刑天军并不是很抵触，而且南京方面在被破之后，有南京的居民到了扬州，告知扬州人刑天军乃是仁义之师，破南京城之后，并未大掠，反倒是开仓放赈救济城中饥民。
本来老百姓最怕的就是刑天军这样的贼军破城之后祸害百姓，但是听闻这些事情之后，自然也就不会敌视刑天军了，虽说当官的还有一些有钱人以及一些读书人仇视刑天军，认为大明才是正统，可是老百姓就没这种觉悟了，天下谁来做跟他们关系不大，最关键的还是吃饱肚子最重要，上半年的时候江南洪水，扬州城也遭水祸，但是官府却不思赈济，有钱人更不肯拿钱出来赈灾，反倒是许多粮商趁机闭粜，惜粮不售，导致了城内外不少人家被饿死，所以老百姓并不支持官府。
于是在刘耀本率部攻打扬州城四天之后，城中内应趁乱起事，令刘耀本所部攻入西门，扬州城也就此告破，守军也都听说了刑天军优待俘虏的事情，所以城破之后抵抗并不激烈，很快便放下了武器投降了刘耀本，根本没有像历史上史可法在南京抵挡清军时候，发生太过激烈的争夺战。
与此同时罗立领兵进抵常州府，常州府抵抗也仅仅两天时间，城中知府因为不肯投降被手下一个官吏带人抓了起来，随即开城献降，常州府当即便宣告被破。
这时候刑天军已经完全有能力数路兵马分兵行动，对南直隶一带展开了大规模的进攻行动，但是相较于刑天军这边的统一调动，南直隶各处都是在各自为战，每每一处遭到刑天军攻击的时候，其它地方的官军只考虑自保的问题，根本不予支援，所以刑天军很容易便在局部形成优势兵力，很快攻破城池。
官府在这个时候也已经彻底失去了民心，刑天军只要所到
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