明、孔有德、尚可喜等毛文龙的旧部，便投奔了当时的莱芜巡抚孙元化。
孙元化这个人其实大多数人都耳熟能详，他不但是大明的一个文人，而且是文人之中的异类，他和徐光启一样，除了熟知国学之外，还都深谙西学，在几何、代数方面颇有建树，而且他们都精通火炮和火铳技术以及这些火器的应用，还信奉西方的天主教，力主在军中推广火炮和各种火器，以此来加强明军的战斗力，防备关外的建奴大军。
所以当孙元化当了莱芜巡抚之后，便加强练兵，大批铸造火炮，打造各种火器，其中以鸟铳为主的火器成为了他麾下明军装备的主要武器，而耿仲明、孔有德、尚可喜归于他麾下之后，他们的部曲都大批量装备了各种火炮、鸟铳等火器，并且不断的加以操练，可以说是当时明军之中，火器装备数量最多的兵马，也是战斗力极强的兵马。
可惜的是孙元化控兵能力不怎么样，只知道督造火器，加紧练兵，却对于这些麾下的大将疏于防范，后来仅仅是因为补给的问题还有他们山东军和辽东军之间的矛盾，孔有德率部造反，最终虽然他们抓住了孙元化，但是念在孙元化对他们不错的份上，并未杀掉孙元化，还放走了孙元化，但是孙元化最终却被崇祯给下旨砍了脑袋，使得这个明末赫赫有名的科学家，就这么含冤而死。
后来虽然在朝廷调集兵马的围剿之下，克复了莱州登州等地，但是三顺王却最终带着残部，还裹挟了不少当时在登州和莱州铸炮的明朝工匠叛投了建奴，使得建奴从此之后拥有了这个时代当时最好的铸炮技术，大大增强了建奴的实力。
对于孔、耿、尚三人的叛降，皇太极相当重视，而且可以说是喜出望外，当即封他们为王，还以他们的旧部还有俘获的明军兵将交还给他们，令他们组建起了乌真超哈营，也就是重兵的意思，这也是汉军旗的最早的前身。
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