除了陆军之外，还有大中皇家海军，在肖天健返回南京之后，肖天健直接抓海军的建设，在他的旨意之下原来松江府和宁波府两地的水军，被大幅度扩编成了六个水营，另外南京城外老郑和宝船场，在肖天健不遗余力的投入之下，也被彻底复建起来，旧的船坞被重新开挖出来，形成了共有六个船坞的造船厂，船坞在重新开挖的时候，也被扩大成了可以承建两千料以上的中型船坞，各种于造船厂配套的比如帆索作坊、铁作、桐油作坊等等，另外还有各种储存材料的木料仓库、麻绳仓库、桐油仓库……等等一干为造船厂服务的设施，也如同雨后春笋一般的被建立起来。
大批各地收罗起来的造船工匠们，被送到中华造船厂安置，同时还招募了两千多学徒工，进入船厂以及船厂辅助工坊之中，一边帮忙打下手，一边学习造船的技艺，每个工匠负责带几个学徒，先以传帮带的方式，来进行授徒，今后这些人便是大中朝扩大各地造船业的基础，用不了五六年时间，只要大中朝资金投入能跟得上，中国将会重新爆发巨大的生产潜能，成为时下世界上的造船大国。
另外在肖天健的督促之下，造船厂九月之后，便停止了全部民船的建造，全力以赴的开始为海军赶造战船，由于技术条件的限制以及备料的限制，现如今这里还造不出太大的战船，仅能建造二百料以下的海沧船，排水量充其量也就是百吨左右，这已经是暂时造船厂能建造的最大的船只了。
至于更大的大福船和福船等，现如今暂时还不能建造，这还不算让肖天健郁闷的事情，更让肖天健郁闷的事情是，在第一艘海沧船下水的时候，肖天健得知消息之后，专程兴冲冲的赶至船厂，观看这条海沧船下水。
海沧船排水量不大这件事也就算了，肖天健可以不计较，毕竟南京船厂刚刚恢复生产时间不久，不能一蹴而就建造太大的战船，但是当问罢了海沧船的性能之后，肖天健真是失望到家了。
肖天健原来并不懂船，穿越来到这个时代之前，他对古代海战也仅停留在看过的一些有限的资料和一些外国的影视方面，以为这个时代的战船，不管中西都是两舷布满了大炮，开到海上拉开战列线对轰，那样的场景实在是令人热血沸腾。
但是当问清楚了眼下他们所造的海沧船的性能之后，肖天健失望的差点下旨把这海沧船给就地拆了拉倒。
原来肖天健问及海沧船的装炮数量的时候，船厂的工匠们告知肖天健，此船只能在船首和船尾装四门千斤弗朗机也就是中型的弗朗机炮，另外船舷
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