一百条，而人员方面也仅仅允许郑家保留三千人，其余的全部交由大中朝来进行甄选之后另行安置。
郑家对于大中朝提出的新方案颇为不满，但是现如今他们也没有继续反抗的余地，只能听命于大中朝的安排。
另外肖天健招郑芝龙以及郑家上下受封之人赴南京面圣，说要亲自册封郑芝龙以及郑家上下受封之人，以示恩典。
对此郑家上下颇为担心，有心想要不去，但是这个时候郑军上下军心已散，而且随着朝廷敕令下达之后，石冉和刘耀本各率一万精兵，分头进入到了泉州府和漳州府，并且分出一部分兵力接管了汀州府。
在大中军的兵锋之下，郑芝龙有心想要不去南京，但是这个时候却找不到一个合适的理由来拒绝，否则的话摆明了就是抗旨不尊，那么接下来到底会发生什么，郑家上下无法预料。
于是无奈之下，郑芝龙只得谢恩领旨，表示会尽快赴南京听封，但是在他们家族内部商议之后，郑芝龙还是让郑芝豹托病为理由，留在泉州坐镇，以防郑家上下赴南京一旦有所变故，他们总算是留下一个后手。
就在郑芝龙受命前往南京的时候，各方对郑军的接管也随即展开，一批批郑军奉命放下了武器，被大中军暂时圈管起来，然后分批进行遣散，为此肖天健着令户部拨发出了二十万龙币作为遣散费用，并且令各地官员对于原属本地的郑军遣散兵员进行编管安置，授之于田，令其回乡耕作。
对于郑家水师方面，大中军采取人船分离的办法，暂时令郑家水师兵将全部登岸，离开他们的船只，由大中朝海军派人接管郑家原有的各式战船，除了准许郑家自行选留下一百条船只之外，其余的船只进行甄选，留下一部分坚固的船只，作为战船补充入海军之中使用，至于剩下的一些不堪作为战船使用的船只，一部分直接拆除，其余可用的船只则准许浙江、福建、南直隶沿海商贾赎买，作为今后通海行商之用。
郑家看准这个机会，又通过出钱赎买的办法，从中买回了一批原属于他们的船只。
不过大中朝也履行了当初和议的条件，在大中军接管泉州府和漳州府之后，对于原属于郑家的财产给予了保护，没有让人侵犯郑家的财产和家族成员，这一点让郑家多少放心了许多。
其实大中朝内部在郑芝龙宣布投降之后，对于如何处置郑芝龙其实是有很大的争论的，以军方为主，许多人提出来即便是郑芝龙投降，但是此人也不足为信，即便是不杀，起码也要将其编管在南京城中进行监视，一
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