方对于医疗保障的问题有所忽视，在抵达台湾之后，对当地的疫病防治问题不太重视，在开战之后，造成了一定程度上的非战斗减员，许多兵将因为水土不服和感染疟疾，白白的丢掉了性命。
而这一次大中军要远渡南洋到菲律宾这个更为炎热的地区进行作战，防疫问题便会更加严重。
所以肖天健着令兵部，要对此给予高度重视，并且着令太医院抽调大批医官参与到这次行动之中，并且提前准备充足的药品，特别是准备充足的成药和一些防暑、止泻、驱虫的药物做好随军保障，干脆最好是准备一个大型野战医院，随军一起出征，随军进行就地保障。
兵部当然马上表示接受，立即对作战计划进行了修改，至于内阁方面，都没有肖天健了解情况，所以只能同意了这次的作战计划。
于是在天元八年的二月，趁着菲律宾这个时候处于旱季，而且南海暴风雨比较少的时候，大中朝展开了对马尼拉的远征行动。
这一次远征行动，出发地被选在了广州，在七年底刚刚完成了收复台湾之战的南方舰队，立即便开始着手准备远征马尼拉。
几个月间，各地造船厂便又有几十条大型夹板船也就是盖伦船下水交付给了南方舰队，另外还有几十条商用大夹板船也交付给了海贸集团，作为海上贸易船使用，像这样的情况，在天元六年之后，非常普遍。
西方造船工匠们，在这几年中，为大中朝各个造船厂，培养出了一批会建造西式帆船的船匠，而中国工匠的智慧是永远不能被小觑的，这些中国的工匠们，学习能力非常强，他们虽然文化程度不高，但是却善于记忆和总结，更善于将各种所学糅合在一起，所以这些学成的工匠们，很快便可以在各大船厂造出和西方人相媲美的大帆船，甚至于在糅合入了许多中式帆船的制造技术之后，所造出来的帆船，比起西式帆船更加好用一些。
所以这个时代，完全可以称作是中国爆帆船的时代，沿海各地的船厂，几乎每天都有新造出的船只下水，交付给用户使用。
所以海军早年所造的一些旧式帆船，到了这个时候，已经开始大批淘汰，一些船只因为还可以用，便转卖给了渔民充当大型渔船或者普通沿海货船使用，到了这个时候，大中朝皇家海军，基本上已经实现了战船的西式化，海上作战能力大为提高，再加上大批海盗不断的投顺，在接受培训之后，进入海军服役，使得海军方面水手也不再缺乏，战斗力空前的强大了起来。
此次行动不单单是南方舰队的事
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