在和朝廷代表团进行漫长的马拉松式的毫无意义的谈判的时候，杨夙枫的工作重点落在了蓝羽军的整顿上。这次对于蓝羽军的整顿涉及了方方面面的内容，可以说是对之前总结出来的问题的一次大规模的解决，同时也是全面梳理蓝羽军各级指挥机构的过程，达到实现部队正规化、思想化的目的。整军工作其实从年初就已经逐渐的开始，在四五月份达到了最高潮。
从后世而来的杨夙枫当然做梦的时候都谨记枪杆子里面出政权的道理，对于蓝羽军不敢有丝毫的放松，在这种战乱的年头，只有雄厚的武力才是生命和权力的保障，没有武力作为基础，其他的都是废话。然而，从蓝羽军部队开始建立的那一天开始，存在的各种问题和缺陷就很多，编制上的、指挥上的、训练上的、作战上的，不一而足，杨夙枫自己在笔记本里面就记录了各种问题和缺陷足足三百多项。虽然很多缺陷要具体问题具体分析，有客观因素的影响，但是主要的，还是主观上的问题，必须通过一次全面的系统的整顿才能够达到目的。
这次整军首要的问题就是合理的重新调整部队的编制，相应的扩大部队的规模，以适应将来战争的需要。从蓝羽军建立的那一天开始，蓝羽军就基本处于持续不断的战斗状态中，东南西北的战斗不断。为了满足战斗的需要，部队不断的断断续续的扩编，没有考虑到一个持续的系统性的问题；兵员的构成也越来越复杂，战败势力的俘虏也越来越多，这些人，在战斗素质上没有问题，但是思想上还没有经受严格的教育，必须将他们错开编制，才能防微杜渐的防止问题的发生；蓝羽军的各级指挥官也是因为战斗的需要而临时配备的，没有考虑的太多，很多都是上一级领导直接任命的，没有经过组织的讨论，容易因为个人的倾向性而产生山头主义，尤其是那些收编的土匪武装。
即使到1728年年底的时候，蓝羽军的编制也是相当混乱的，甚至部队的名称都不统一，例如格莱美国防军；装备就更加不用说了，没有形成合理的配备，没有科学的考虑到各种武器的搭配问题；各部队之间的军官指挥水平也是参差不齐，有的部队指挥官大都来自军事学院，有的部队指挥官大都来自土匪武装；至于不同部队之间战斗作风和战斗力就更加是天渊之别了，例如凤采依的部队在正规作战方向非常娴熟，而蓝楚燕的部队则还是喜欢各自为战。而且有的部队在思想上、作风上都和杨夙枫的期望有很大的差距，尤其是蓝楚燕麾下的部队，存在的问题特别多，不加以最严肃的整改，恐怕会处于失控的状态。
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