内讧四人组李思齐、孔兴、脱列伯、张良弼，降的降，死的死，使得元朝将领这边只剩一个扩廓帖木儿。看着曾经敌对的内讧四人组落得如此结局，也不知扩廓帖木儿内心有几分欢喜。
扩廓帖木儿带着残余的元军主力驻守在宁夏，时不时攻掠边境，弄得边境的守军苦不堪言。守军集结应对，扩廓帖木儿溜了；守军分散防守，扩廓帖木儿来袭。
刘基警告朱元璋说：“不能小看扩廓帖木儿，此人有大将之才。”是啊，能够在这乱世中掀得起波澜的人，又有几个是等闲之辈啊！
洪武三年，朱元璋又命大将军徐达率军北征大漠，意图消灭北元残余。然而，被扩廓帖木儿抓住机会，兵围西北重镇兰州。徐达不得已率军回救，在优势兵力下大败扩廓帖木儿，扩廓帖木儿兵败退回和林（今外蒙古库伦）。
洪武五年，朱元璋又动员十五万大军，分东、中、西三路北伐大漠。此次北伐以中路为正，东、西两路为奇，奇正并用，三路合击，旨在完成汉唐所未完成的历史功绩，永清蒙古大漠。
在三路大军中，徐达率领的中路军进军最为迅速。洪武五年二月二十九日，徐达所部进入山西随后，都督蓝玉奉命为前锋，率兵出雁门关。
三月二十日，蓝玉等在土刺河一带与扩廓帖木儿所部发生遭遇战，大败元军，扩廓帖木儿仅率十余骑逃走。之后，扩廓帖木儿又与北元将领贺宗哲联手，在岭北地方与徐达大军对垒。
徐达所部由于连续作战，将士们十分疲惫，战斗力明显下滑。再加上此前连战皆捷，中路军中滋生了骄傲轻敌的情绪，结果被扩廓帖木儿抓住战机，以优势骑兵冲击明军阵地，明军抵抗不住，陷入不利战局，死者达一万余人。
万幸徐达及时“故垒而收之”，才使部下“彻侯功巨无死者”。扩廓帖木儿也因为畏怯徐达，不敢入塞追击，才给到中路军一线生机，退回边塞，不然可能就全军覆没了。
相比先胜后败的中路军，冯胜统率的西路军则比较顺利。颍川侯傅友德率领五千骑兵于西凉（今甘肃武威）击败北元失剌罕，又在永昌（今属甘肃）忽剌罕口再败北元太尉朵儿只巴。
然后，傅友德带着五千骑兵和冯胜统率的西路军主力部队会师，在扫林山（今甘肃酒泉北）大败北元军，斩首四百余级，俘虏北元太尉锁纳儿加、平章管着等人。
六月初三日，北元将领上都驴以八百三十余户投降西路军。西路军攻到亦集乃路（今内蒙古额济纳旗东南），北元守将伯颜
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