等到三清闭关后，李云景也开始了漫长的闭关，这一个三千年不同于先前的和平，巫族、妖族大战已经爆发了。
一些大神通者经过一番推算，感受到了天地大劫的降临，一想起上次的“龙汉初劫”，侥幸活着的大神通者都有些胆寒了，纷纷关闭山门，不再行走洪荒大陆。
此时，洪荒已经分成了两大阵营，巫族与妖族，一个统治着洪荒大地，一个统治着三十三天，至于其他势力，像三清的“昆仑山”、冥河的“血海”、镇元子的“五庄观”，其他隐居的大神通者，甚至四海龙族，都低调了许多，严禁门下出山，不得与巫族、妖族发生冲突。
巫族、妖族虽然没有展开决战，但是小范围内的摩擦随处可见，每时每刻，都有两族成千上万的族人死去。
旷日持久的摩擦，两族的仇怨越结越深，在这种朝不保夕的日子里，巫族渐渐聚拢族人，慢慢形成了以十二祖巫为首的大型部落，将力量集中在一起，不至于被妖族四处偷袭，而过多损失族人。
盘古开天辟地，身陨化身万物，诞生十二祖巫，这些祖巫肉身强横无比，吞天噬地，操控风水雷电，移山倒海，神通广大，各個都在准圣之境。
祖巫之首，帝江，空间速度之祖巫；句芒，东方木之祖巫；祝融，南方火之祖巫；蓐收，西方金之祖巫；共工，北方水之祖巫；玄冥，冰之祖巫；后土，中央土之祖巫；强良，雷之祖巫；烛九阴，时间之祖巫；天吴，风之祖巫；翕兹，电之祖巫；奢比尸，毒之祖巫。
自从巫族形成了以十二祖巫为首的巨大部落群，巫族的凝聚力和战斗力，都得到了巨大的提升，加上巫族好战，勇猛，一时之间，以十二祖巫的大部落为首，时常扫荡洪荒大陆。
面对巫族的残酷扫荡，哪怕妖族各个种群，也难以与巫族争锋，甚至一些弱小的族群成为了巫族的血食，被肆意捕杀。
这种情况下，妖皇帝俊、东皇太一在三十三重天，组建的天庭，聚集了越来越多的妖族，基本上，洪荒大陆，飞禽走兽，全部并入了天庭之中，实力大增，成为妖族的天地，帝俊的野心也渐渐增长，欲扫平巫族，称霸洪荒。
同样在紫霄宫听到的大神通者，在帝俊、太一的拉拢下，伏羲成为天庭的曦皇，女娲追随哥哥伏羲，成为了天庭的娲皇，而另外一位大神通者鲲鹏，开创了妖族文字，担任妖族妖师一职。
在五位准圣大神通者之下，妖族计蒙、英招、飞廉、九婴、商羊、钦原、呲铁、九凤、白泽、飞诞，成为妖
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