一时八河流域秩序井然。
元成宗孛儿只斤·铁穆尔大德五年(公元1301年)，窝阔台汗的孙子孛儿只斤·海都利用孛儿只斤·阿里不哥的残余势力，占领了察合台汗国的七河流域，并联合察合台汗曾孙孛儿只斤·八剌，继续同元朝斗争。孛儿只斤·海都逝世后的元大德七年(公元1303年)，孛儿只斤·海都的长子孛儿只斤·察伯尔回到原窝阔台继位，汗帐设在叶木尔河，和元朝展开了一系列的拉锯战。
此时，土尔扈特部落和卫拉特部分部落愤然退出了孛儿只斤·察伯尔同元王朝之间毫无意义的内讧。元大德九年(公元1305年)，孛儿只斤·察伯尔正在额尔齐斯河流域同元朝作战的时候，背后遭到了土尔扈特部落和一些卫拉特部落以及察合台汗国其它世系皇子们的袭击，因而惨败。在孛儿只斤·阿里不哥残余势力和海都长子的反元斗争过程中，土尔扈特部落的人民逐渐觉醒，脱离了孛儿只斤·阿里不哥、孛儿只斤·海都子孙的分裂势力，加入了元朝的统一事业。
公元十四世纪中叶，土尔扈特部落参加了统一察合台汗国的战斗。随着孛儿只斤·海都的失败，察合台汗国分裂为东西两部分，而西察合台汗国逐渐***化。为了区别已经***化的西察合台汗国，就迫使蒙古王公必须拥戴一个有权威的大汗。当时在察合台蒙古系列中势力最强、影响最大的就是朵豁剌惕部的首领朵豁·播鲁只，他的属地正在西察合台汗国的中间，包括库车、阿克苏等七河流域的一部分。
元惠宗孛儿只斤·妥欢贴睦尔至正八年(公元1348年)，朵豁·播鲁只从伊犁河流域图尔扎的地方，迎接察合台汗孛儿只斤·笃哇的孙子孛儿只斤·秃黑鲁克贴木儿到阿克苏继汗位。元至正二十年(公元1360年)，孛儿只斤·秃黑鲁克贴木儿统一了东西察合台，土尔扈特部落参加了一系列战斗，为维护统一做出了贡献。
随着大元帝国的灭亡，元至正二十八年(公元1368年)，明太祖朱元璋建立了大明王朝，新疆地区、帕米尔高原地区的农牧民起义也风起云涌，他们推翻了察合台汗，孛儿只斤·秃黑鲁克贴木儿也率领部落逃回了东蒙古草原，但土尔扈特部落的人民没有走，他们也一同参加了这次反抗元朝的农牧民大起义。
之后，土尔扈特部落移牧于伏尔加河中下游无主之地一百四十年后，由于不勘忍受沙皇俄国的压迫，于清乾隆三十六年(公元1771年)1月16日，在首领朵豁·渥巴锡汗的统率下，毅然举行武装起义，带领十六万族人东归
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