古代的蒙古人最早信仰萨满教。萨满教崇拜神灵，把世界分为三种：天堂在上,诸神居之；地为之中,人类居之；地狱在下，恶魔居之。而掌教的巫师则宣称自己集万能于一身，除了能役使鬼魅为人祛除灾难外，还能占卜吉凶，预言祸福。他主持传统仪式，代氏族成员求儿、求女、求五谷丰登、人畜两旺，为氏族成员治病等。在早期，则参与解决部落的重大疑难问题，直至决定首领的继承，战争与和平等。成吉思汗就曾设置“别乞”（教长）,专门管理萨满事务。
17世纪以后黄教虽然传入蒙古地区，但萨满教的遗迹在蒙古人的生活中仍然保存着，主要表现在以下几个方面:
祭天:祭腾格里（天）是各种祭祀活动中最重要的一种，在山丘等高处立木头或石堆等标记，以此代表“腾格里”。在每年春秋两季进行祭祀。立标的山丘被视作禁地，这是蒙古人中最普遍的祭天形式。祭天分红祭与白祭。红祭时用整羊或羊的心脏。随着黄教的广泛传播，红祭逐渐被废除，改为白祭。白祭主要指的是以酒和奶制品来祭祀。此外，祭天时指定一只羊为“供品”，但不把它宰杀，给戴上“色得尔”（表示神圣的记号，即给羊脖子上拴上彩色布条）后给天磕头。戴“色得尔”的羊是神圣的，是腾格里的财产，任何人不得冒犯，不得宰杀，直至它自然死去。
祭地:祭地也是蒙古人自然崇拜的一种。蒙古人有“天父地母”之说,认为大地上有名的山川和奇特的草木都有自己的主神。蒙古人把鲜奶和奶酒每天早晨酹向所在地的山巅，表示致祭。蒙古人非常崇敬具有奇特形状和颜色的山崖、丘陵山及温泉，认为那里有精灵居住，因此祭祀它们的同时,又禁止人们在那里砍柴，杀生和动土。
祭敖包:这是蒙古民间最普遍的一种祭祀活动。敖包是草原上习见的供人祭祀的山堆,顶上要插柳枝为丛，立竿为柱。“垒石成山”,“视之为神”，它是山神、地神及游牧民族保护神的化身，是萨满教原始崇拜的典型。祭祀时间一般在农历5-7月,祭礼仪式一般由扎萨克喇嘛、王公贵族主持。喇嘛要焚香颂经。而每一过路人都在敖包上面放石子或随手拾到的东西，同时乞灵于被假想在那里的神。过路人边祷告放石敖包上面，边伸手向前乞求保佑一路旅行平安。
祭火:祭火也是蒙古族最古老的祭典之一。在新疆蒙古人的日常生活中至今还保留着一些遗迹。在节日喜庆、婚丧大事上祭天、祭地之一就要祭火。点灯节（农历十月二十五日）就是祭火的一种表现，是典型的黄教活动中渗合着
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