其实，日军失利的真正原因就在这个作战计划上。首先是联合舰队司令长官山本五十六，由于山本曾担任过“赤城”号航母舰长、海军航空本部技术部长、第1航空战队司令、海军航空本部部长，又策划指挥了偷袭珍珠港，所以很多人都认为山本是比较早认识到航母和舰载机在现代海战中的作用的航空派，但实际上山本的骨子里还是巨舰大炮派，这就注定了在战役部署上对于航母的轻视，“瑞鹤”号和“翔鹤”号两艘航母，因为在珊瑚海海战中受伤和补充飞行员而在本土休整，最多一个月就能恢复战力，但山本并没有等这两艘航母归队再发动中途岛作战，这也说明了山本对航母还是不够重视。在中途岛海战中他还是将战列舰作为主力，航母不过是作为开路先锋，先用航母去袭击中途岛，既可以削弱美军实力，又能够作为诱饵将美军舰队引出来，自己再亲自率领由战列舰为核心的主力舰队与之进行传统的海上决战，正是基于这样的考虑，才会将战列舰舰队远远地布置在最后面，以保障决战主力的安全。在南云航母舰队向中途岛开进途中，山本的联合舰队监听到在中途岛附近海域出现了美军航母的无线电信号，如此重要的情报，山本居然出于保障战列舰舰队绝对安全必须实行无线电静默的考虑，没有通知南云，直接导致南云还以为附近根本没有美军舰队，最终在发现美军舰队后手足无措应对失当。
负责制订作战计划的联合舰队先任参谋黑岛龟人大佐为了显摆自己的能耐，将整个计划搞得无比复杂繁琐，明明实力远远超过美军，却还要大费周折搞声东击西的花招，先要去佯攻阿留申群岛，在中途岛的主攻方向，也是分为三路，一路是登陆舰队，另一路是南云的航母舰队，最后一路就是山本亲自指挥的战列舰舰队，而且三支舰队之间都有段距离，特别是南云航母舰队和山本战列舰舰队距离足有300海里，也就是要至少航行十小时，一旦出现状况，根本无法相互支援。
当时日军实力几乎是美军的三倍，如果不是这样复杂的计划自己分散了兵力，全部舰艇都集中在中途岛方向，根本不需要什么声东击西调虎离山的花样，就是最简单的全军出击，以泰山压顶之势直扑中途岛，美军就是破译了密码，知道日军来袭的方向和时间，面对悬殊的实力对比，也很难有翻盘的机会。日军只要凭借数量上的绝对优势，堂堂正正强攻硬打，如果美军航母舰队避战就直取中途岛，如果美军航母迎战，那就来个一锅烩。所以，日军在中途岛海战中的失败，根子就在这个计划上，越是复杂精巧的计划，只要一个环节出问
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