徐州决战的消息，他一路向北直接向徐州而去。
林良珺的兵力不足，对于这些逃离的官员也没有追捕，他进城之后第一步是控制各部衙门和五军都督衙门，接着就是弹压南京城内的溃败明军。
对于着火的南京户部衙门，林良珺第一时间组织扑救，但是依然烧了半个笔架阁，南京户部一半档案付之一炬。
其他部分的官吏就没有高拱这么忠于大明，不少衙门的官吏直接封存了档案，官员站在衙门口“喜迎王师”。
甚至看守南京旧宫的太监，都打开了宫门，等待“王师”接收。
临淮侯李廷竹也知道大势已去，他带领亲兵返回侯府，本来想要护送家人离开南京城。
只不过临淮侯府也是重点目标，临淮侯府直接被林良珺派遣的小队包围，李廷竹抵抗了一阵，就被手下绑了开府门投降。
进入到火器时代之后，在对方取得绝对优势之后，在候府这种建筑物内固守已经成了一种徒劳的抵抗。
李廷竹被抓，南京城内那些军头都害怕被东南新军清算，纷纷想要带领部下北上。
别看这些军头平日里吃兵血腐化堕落，可是他们是世代军门，自然知道如今天下已经大乱，乱世之中最值钱的就兵马。
这些军头试图将士兵带出去，只要自己手上有兵，那么返回大明朝廷也不会受到惩罚，又或者可以拿着这些兵马和苏泽讨价还价，再或者还可以带着这些兵马落草为寇，割据一方。
只可惜他们的如意算盘打的很好，却忘记了自己平日里如何欺压士兵的。
很多军头带着人还没出城，就直接被士兵捆了，直接送到了东南新军这边。
还有的平日里民怨比较大的，将士兵当做奴隶的军官，更是直接被愤怒的士兵冲上去砍死，成了南京城内一具无人认领的尸体。
也幸亏第二旅和第三旅的参谋们，根据南京的城防地图，很仔细的推敲了接管南京的方案，但就是这样，也闹出了不少乱子，出现了各种各样的情况。
林良珺和林德阳分别让军法官的人在街头巡逻，又抓了几个不守军纪的士兵，这才算是初步恢复了秩序。
关押甄别投诚官员和士兵，处理战场，清理南京城内的尸体，维持治安，控制各部衙门，等到三月二十日的，南京城终于安定下来。
三月二十日，李时珍从苏州府带领学徒五十人进入南京城。
林良珺干脆直接将南京城中央的旧宫，也就是明故宫拿出来，
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