他被害的还有冯贵人等宫嫔，以及太监王国臣、刘克敬、马鉴等人。禁宫事秘，无法详尽了解。这年冬，魏忠贤兼领东厂事务。
朱由校因为没有受到好的教育，有喜欢木工活，魏忠贤总是在朱由校全神贯注作木工的时候说事，朱由校十分烦，就让魏忠贤以后看着办。
天启四年，御史李应升就内操的事进谏，给事中霍守典因魏忠贤乞求祠堂匾额而进谏，御史刘廷佐以魏忠贤滥加荫封进谏，给事中沈惟炳以设枷锁进谏，魏忠贤都假传圣旨给予斥责。于是副都御史杨涟非常愤怒，弹劾魏忠贤二十四大罪。
奏疏上呈后，魏忠贤害怕了，向韩火广请求调解，他便跑到朱由校面前哭诉，并辞掉东厂职务。而客氏从旁为他解释，朱由校懵然不辨真相，第二天打回杨涟的奏疏，痛加斥责。
杨涟既被斥责，魏大中以及给事中陈良训、许誉卿，抚宁侯朱国弼，南京兵部尚书陈道亨，侍郎岳元声等七十余人，纷纷上奏魏忠贤的不法之事。叶向高和礼部尚书翁正春请将魏忠贤遣回私宅，以平息公众的指责。朱由校不许。
魏忠贤很气愤，想将异己者全部杀掉。顾秉谦便偷偷地把魏忠贤所忌恨的人记录下来，交给他，让他逐个将他们贬斥。王体乾又倡议用廷杖，威胁廷臣。不久，工部郎中万燝上书指责魏忠贤，立即被杖死，于是魏忠贤的党羽遍布朝野。
天启七年，朱由校驾崩，信王朱由检即位。朱由检素来熟知魏忠贤的罪恶，自己深加戒备，魏忠贤的党羽开始恐惧了。杨所修、杨维垣先攻击崔呈秀以试探朱由检心意，主事陆澄原、钱元悫，员外郎史躬盛于是纷纷论奏魏忠贤。但朱由检隐而不发。
于是嘉兴贡生钱嘉征弹劾魏忠贤十大罪：一与皇帝并列，二蔑视皇后，三搬弄兵权，四无二祖列宗，五克削藩王封爵，六目无圣人，七滥加爵赏，八掩盖边功，九剥削百姓，十交通关节。奏疏呈上后，朱由检召见魏忠贤，让内官读给他听。
魏忠贤非常恐惧，急忙用重宝贿赂信邸的太监徐应元，求他解救。徐应元是魏忠贤从前的赌友。朱由检知道这事，便斥责徐应元。十一月，便将魏忠贤发往凤阳安置，魏忠贤在去凤阳的途中，仍豢养一批亡命之徒，朱由检闻悉后大怒，命锦衣卫前去逮捕，押回北京审判。
魏忠贤自知难逃一死，行到阜城时，听到后一项命令，便与同伙李朝钦在阜城南关客氏旅店痛饮至四更，最后一起上吊自杀。
朱由检诏令将魏忠贤肢解，悬头于河间府。将客氏鞭死于浣衣局。魏
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