公于公元前356年任命商鞅为左庶长，在秦国国内实行第一次变法。
第一次变法主要内容有：
颁布实行魏国李悝的《法经》，增加连坐法法律，轻罪用重刑；
废除旧世卿世禄制，奖励军功，止私斗，颁布按军功赏赐的二十等爵制度；
重农抑商，奖励耕织，特别奖励垦荒；规定，生产粮食和布帛多的，可免除本人劳役和赋税，以农业为“本业”，以商业为“末业”，并且限制商人经营的范围，重征商税。
焚烧儒家经典，止游宦之民。
强制推行个体小家庭制度。扩大了国家赋税和兵徭役来源，为秦国经济实力和军事实力的壮大奠定了坚实的基础。
第二次变法：咸阳位于关中平原中部，北依高原，南临渭河，顺渭河而下可直入黄河，终南山与渭河之间可直通函谷关。为便于向函谷关以东发展，秦孝公于公元前350年命商鞅征调士卒，按照鲁国、卫国的国都规模修筑冀阙宫廷，营造新都，并于次年将国都从栎阳迁至咸阳，同时命商鞅在秦国国内进行第二次变法。
第二次变法主要内容有：
废除贵族的井田制，“开阡陌封疆”，废除奴隶制土地国有制，实行土地私有制，国家承认土地私有，许自由买卖。
普遍推行县制，设置县一级官僚机构；“集小都乡邑聚为县”，以县为地方行政单位，废除分封制，“凡三十一县”，县设县令以主县政，设县丞以辅佐县令，设县尉以掌管军事。县下辖若干都、乡、邑、聚。
迁都咸阳，修建宫；
统一度量衡制，颁布度量衡的标准器；
编订户口，五家为伍，十家为什，规定居民要登记各人户籍，开始按户按人口征收军赋；
革除残留的戎狄风俗，止父子、兄弟同室居住，推行小家庭政策。规定凡一户之中有两个以上儿子到立户年龄而不分居的，加倍征收户口税。这是对第一次变法中“异子之科”法令的补充，也是对社会风俗的规范。
商鞅变法对此后秦国以及秦代的影响是十分深远的。
云梦出土的《秦律》就是在这个变法的基础上修订、补充、累积而成。《秦律》也多处讲到连坐法，例如户籍登记有隐匿或不实，不但乡官要受罚，同“伍”的也要每户罚一盾，“皆迁之”。《秦律》也把镇压“盗贼”放在首要地位，并对轻罪用重刑。例如盗取一钱到二百二十钱的要“迁之”，盗取二百二十钱以上和六百六十钱以上要分别罚作刑
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