万历九年，两京缺尚书三人，侍郎十人，科道九十四人，地方上缺巡抚三人，布、按、监司六十六人，知府二十五人。三年以后，南北大僚强半空署，督抚重臣经年虚席，藩臬缺至五六十人，知府缺至四五十人。
最近这段时间，因为对矿监税使无能为力，剩下的大臣也基本歇菜了……掌管全国庶政的阁部院大臣中，内阁仅剩下申时行和王家屏。九卿中在朝供职的，只有都御史一人和侍郎二人，余则或因缺未补，或杜门不出，朝政已然瘫痪。
万历皇帝这才慌了神，毕竟他倚仗的内廷太监，抓人敛财是好手，讲到治国就抓瞎了。祖宗江山还得靠文官打理，所以他已经有些后悔了，只是死要面子不肯主动妥协，而吕宋反叛事件，正好给了他就坡下驴的机会……至少万历自己是这样想的。
因为即使放在历史长河中比较，本朝大臣也是一顶一的臭又硬，一旦涉及领土和主权，没什么好说的，肯定是喊打喊杀，顾不上跟自己斗气了。
但皇帝失算了，消息传开后，那些‘又臭又硬’的大臣，竟然十分罕见的对吕宋持理解态度，而将责任一股脑算到万历皇帝的横征暴敛、贪婪无度上。
万历下令廷议平叛，这次大臣们能到场的都来了。可是讨论的结果让万历极为不满……大臣们一致认为，不可贸然出战。他们说吕宋与本土远隔重洋，且有强大的舰队保护，不可贸然征讨。须得建造战舰，编练水军，储备物资、谋定后动。而且当前国内狼犬当道、民怨沸腾若斯，大兴兵戈的话，恐怕会引发民变。
大臣们说，吕宋毕竟孤悬海外，无法危及统治的根本，若是各省乱起来，国家就真的危险了。所以他们联名上书，请求皇帝撤销矿监税使，修明政治、与民休息，先将两京十三省的高烧退下去再说。
大臣们对吕宋叛乱的处理意见，是遣使严加申斥，如果吕宋方面是一时糊涂，看到触怒天威，自然会幡然悔悟，自缚请罪。如果吕宋方面执迷不悟，则可激起全国民众的怒火，到时候就算要打仗，民众也会全力支持。
简单说来，大臣们就一个意思——不先把矿监税使的问题解决，别的问题只能拖着。
但在万历看来，吕宋的叛乱太遥远，动摇不到自己的龙椅。用矿监税使摧毁工商业、打击东南豪族，才是维系皇权根本的第一要务，所以他万万不会上大臣的当，在大好的局面下半途而废的。
于是，君臣间又一次陷入了互不相让的死结，征伐之事自然遥遥无期。紧接着，长江以南地区发生了大规模
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