非盲从，而是经过自己的认真思考、消化。例如他对于西方地圆说，就是首先考察了地圆说赖以成立的观测证据，然后才加以接受的。对于传教士的错误说法，他则予以批驳。例如传教士曾说，太阳半径为地球半径的１60多倍，而太阳距地球只有１600多万里，方以智指出这是错误的，并且亲自推算地球圆周长约9万里，比之西方更为精确。
朱骏最佩服的并不是他发明了什么，而是老家伙对近代天文、地理、化学、生物、医药、农学、工艺、哲学、艺术等方面统统有所涉及，单止这一点，便足够朱骏引起兴趣。
“皇上相召，微臣虽风烛残年，臣敢不效死力？”方以智绝对不是个含糊的人，当年为了抗清，他上蹿下跳，乃至于跑到深山去感召土匪出来抗清，就算是被人诬陷，离开了朝廷，还在到处联络抗清力量，大声疾呼。
朱骏笑道：“朕打算给你亲自制定一个官名，嗯，叫科学院祭酒吧，从此之后六部九卿改为六部十卿，正二品，如何？”
“科学院？”方以智道：“皇上，敢问这科学院署理的是什么事物？”
朱骏道：“天文、地理、格物、工艺、农学无所不包，只要有擅长专学者，都可入院研究，国库每年按时提供经费，科学院还可设置奖励，但凡成绩突出或研究出实物的学者，都可配发勋章，给予奖励，朕在南京新都已下令建设科学院，其规模与翰林院相等，朕取士不看文章，不问八股，只看是否有独到的学识和技艺、专业本领、特殊才能。科学院下设十司，一为天文司，二为地理司、三为物理司、四为化学司、五为生物司、六为医药司、七为农学司、八为工艺司、九为哲学司、十为艺术司。每司设主事一名，从三品衔，各司有侍读、侍讲、再征募奇能之士入院为博士、修撰、编修、检讨等官。”
方以智垂坐锦墩之上，一副道貌岸然的高僧之相，可是心里却扑通扑通的狂跳，眼眸中闪露不出的狂喜，他并非在乎名利，经过这么多年的坎坷，从一个倜傥的风流少年变成了行将入木的老人，名利早已是过眼云烟，只是皇上要新建的科学院却让方以智的心热乎起来，他原本是儒学世家，后来猎及西学，研究各种学术，如今让他接掌科学院，实在是大慰平生所愿，最重要的是，皇上将科学院提升到与翰林院同等的地位，这就是说，大明的取士之道恐怕要变了。
方以智突然开眸，脸上的褶皱也显得光滑了不少，仿佛一下子年轻了不少，他站起来顿了片刻，随后用手一扯，脱去身上的袈裟，现出袈裟内的内衣马
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