长江舰队是在七月八日从通州的基地出击,在江阴、靖江等地汇合聚集，然后分成三队，逆江而上，向南京方向驶进。同时成进、杨武丞两路人马也分别向镇江、宁国府逼近。
坐镇南京的多铎也收到了尚善发回來的告急，在得知清军在湖北战区惨败，就连黄州都岌岌可危，多铎也觉得大为震惊，但这时南京一带的守备兵力己不足十万，根本派不出援军。
幸好就在这时鳌拜率领第二批援军南下，多铎也立刻下令鳌拜部在庐州、舒城、六安州一带驻扎，准备进入湖北战场，再一次对湖北地区的商家军发动进攻。多铎也估计到，商家军虽然击败了清军的第三次进剿，但自身也不可能一点损失都沒有，同时兵力也一定疲惫，如果这时鳌拜部加入湖北战场之后，立刻对商家军再次发动进攻，取胜的机会还是很大的。
但就在这时，浙江的商家军也又一次向南京发动了进攻。因此多铎也不敢大意，只好先命鳌拜在庐州驻扎，静观其变。如果南京能够抵抗得住商家军的进攻，那么鳌拜就仍然率军进入湖北地区作战，如果南京危急，就立刻调鳌拜渡江，増援南京。
同时他也立刻调兵遣将，命镶蓝旗固山额真屯齐率领三万人马，驻守宁国府，命贝孑满达海，率两万人马，驻守镇江，同时也命水军出击，迎战商家军。
自从上一次水战取胜之后，清军也认识到火船进攻战术确实是十分有效的一招，虽然在上一战中，清军自己也烧掉了二百多艘船，实际损失的战船数量比商家军还多，但仍然还是按这个思路备战，因此从湖广调來近大量的船只，又凑齐了二百多艘船只，还是按三艘一组,用铁锁连起,组成了七十多组火船。只是由于火船属于一次性用品，清军不敢轻易出击，只能等着商家军主动进攻过來。
因为这时洪承畴正在江西督战，因此这次水战也由水军提督刘梦蛟亲自指挥。不过在上一战中清军是如何取胜的，刘梦蛟跟洪承畴在一条船上坐镇指挥，可是看得清清楚楚，回到南京之后，刘梦蛟也把这一战的经也反复思考研究，做到心里有底。这一次出战，刘梦蛟也自信可以再把商家军的水军烧一个落花流水。
清军依然还是以火船为先驱，每二十组火船一排，在江面上横向展开，一共排了三排，最后才是清军的八十余艘主力战船。
但等刘梦蛟看到商家军的战船时，也不禁有点傻了眼，因为商家军一共只出动八艘战船，排成了两条纵队，逆江而上，向清军的阵列冲杀了过來。而在远远的数里之外，隐隐约约还
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