拉一共发生了四次比较大规模的华人大屠杀。
第一次发生在一六零三年，事情的起因是一个很偶然的事件，引发了这次马尼拉华人大屠杀
原来在一六零三年的时候，一个叫张嶷的商人，不知是出于什么目地，上书当时明朝的万历皇帝，称：吕宋有一机易山，其上金豆自生。万历皇帝信以为真，下令福建官员前去勘查。西班牙人本就对中国颇为忌惮，何况当然在菲律宾的华侨己达数万之众，势力极尢，因此疑心中国以此为借口，是与菲律宾的华人联络，以便里应外合将西班牙人赶走，因此排华情绪渐浓。
在一六零三年十月三日，不愿坐以待毙的华侨爆发大起义，但由于缺少武器和军事经验，他们仅坚持了四十一天，因北起义很快演变成一场对华侨的大屠杀。在西班牙人的煽动和蒙骗下，包括菲律宾土著、日侨在内的各方力量，都参与到这次屠杀中。据统计，在这次大屠杀中被杀的华侨人数在三到四万之间。
在这一次大屠杀之后，也使中国商人对菲律宾心存恐惧，不在到菲律宾经商，对菲律宾本土经济产生极大的影响，物资匮乏、经济萧条。财政状况严重恶化。同时在菲律宾的西班牙人也但心明朝会报复，因此派遣使臣到中国来周旋澄清。
尽管后来万历皇帝查明了马尼拉大屠杀的真像，但由于当时的明朝国力疲惫，无力举兵征讨菲律宾，同时中国对海外的事务也并不太上心，因此只是不痛不痒的对菲律宾当局写了一份《谕吕宋檄》，也就不了了之。而随着时间的推移，又陆续有商船来往马尼拉通商，马尼拉也逐渐恢复了元气。
从表面上看，引发一六零三年的马尼拉华人大屠杀的原因很偶然，其实西班牙殖民者与当地华侨的积怨是长期积累起来的结果。
因为菲律宾原来本是明朝的藩属，后来被西班牙人强占，因此西班牙人一直都对中国心怀警惕，而菲律宾的华侨人数极多，而且也形成了一股庞大的势力，自然也会引起西班牙殖民者的敌视情绪。另外中国人靠自己的勤劳和智慧，在菲律宾也创造了巨大的财富，这又会引起了殖民者的贪婪，以殖民者凶残的本性，排华、屠华也就会必然发生的。
而明朝的纵容和不做为，也使得西班牙人对菲律宾华侨的欺压更加有恃无恐，于是在后来的一六三九年；一六六二年，一六八六年，又先后发生了三次华人大屠杀事仵，尽管后三次的屠杀规模比第一次小一些，但两次死难的华教人数也都达到了两万人以上。另外在这几次大屠杀事件中，马尼拉的天主教传教士
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