中俄双方在黑龙江上游展激战的时候，在南京的商毅也把精力都放到了平定辽东地区的叛乱事务上來。因为在东北战场上，商毅对中华军的战斗力，以及童大勇的指挥能力是相当放心的，而且中华军的兵力，是俄军的二三倍，因此东北边境的战争，其实根本就不需要商毅担心。
当然商毅虽然关注辽东的叛乱，但和内阁的担扰并不一样，因为商毅从來就沒有认为，在辽东地区的叛乱，会动摇帝国的统治基础，那怕是使清廷复避也都是不可能。只要中华军的大军一到，反叛的势力就会被立刻被平定下來。因此商毅也并不是对辽东叛乱担心，而是担心这次叛乱对辽东地区造成的破坏。
在穿越之前，商毅所接受的历史教育中，对于中国古代的农民起义，一般都是做比较正面评价，当然从反抗暴政、反抗压迫的角度來说，农民起义也确实具有一定的合理性和进步性，如果一个民族在面对暴政、压迫，都不敢反抗，那么这个民族也确实沒有前途了，毕竟中国农民其实是世界最老实的人，如果不是把他们逼得走头无路了，是不会使用暴力反抗的。当然一般來说农民起义的领头者，大多都不是真正的农民，但主体都是由农民组成的。
但另一点也是不可否认的，就是无论是在什么时候，农民起义对社会生产、经济造成的破坏相当严重，而在后世的历史教育中，往往都有意避开这一点。尽管说野史流传的黄巢杀人八百万、张献忠屠尽四川等等有相当的夸张成份，但这也说明，农民起义确实对社会造成相当大的破坏，这也就是为什么农民起义往往声势浩大，但能够成事的，却寥寥无几的原因。
当然这一次辽东地区发生的叛乱，并不能算是农民起义，免强只能算是民族反抗，但对社会生产、经济造成的破坏性，和农民起义是一样的，甚致还会更大，因为这里面还夹入了不少民族主义的成份。
清廷在入关之前，在辽东统治了二十余年，虽然一直都在压制汉族人，但对辽东地区的社会生产发展，由其是农业发展，还是起了相当大的作用，当然在南北战争的时候，由余要支付庞大的军费，清廷也对辽东地区增收了许多重税，对社会生产造成了一定的影响，但也并不大。
而在中华军进军东北的时候，在辽东战场上的战争时间并不长，也沒有发生过大规模的战斗，因此辽东地区的生产也沒有受到多大的破坏，在战事结束之后，辽东又回归到汉族的中央政权，社会生产也很快得以恢复。同时帝国在辽东地区大力打压满族、扶植汉族，剥夺了满族贵族占有
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