藏秘”与流行于内地的“汉密”经过融合后形成了“杂密”，在民间影响力很大。
明朝建立后，朱元璋在“吐蕃”即西藏设立“乌斯藏都司”开始驻军羁縻当地贵族势力。但到了明成祖永乐时期，朝廷认为“密宗”过于怪异，便下令在内地废逐“密宗”，使“杂密”在中原势渐衰微，但西藏不受影响。
而晚唐时期，由“空海大师”带到日本的“东密真言宗”却得到了广泛传播。因此，“密宗”视毗卢遮那佛”为最高统帅和创教之主，极力推崇传承真言和密咒，使得“东密”在倭国发展迅速，并影响本土宗教文化。
从精神上来说，“东密教主”也就是“大日如来”，即著名的“镰仓大佛”就是“毗卢遮那佛”。“东密”的另一大特点就是，“密宗”认为人的身体有许多奥秘和潜能，只要通过“密宗法门”的不懈努力，就能使“修行者”发挥全部潜力，让身体与宇宙沟通，并达到“天人和一”的境界。这和“忍者”追求的“极限体术”不谋而合。
而“三密加持”则是“密宗修行”的一个重要组成部分，包括“身密”即“手结印契”、“语密”即“口颂真言”和“意密”即“心观尊佛”。当然了，倭国的和尚、尼姑能结婚生子甚至阴阳双修，这或许也是“密宗”法门之一。
“身密”的主要修行方法就是“结手印”，简单的说就是通过两手十指相互交叉结成不同的形状，并配合想象，用意念形成沟通“精神教主”的特殊修法方式，有点类似海西中原“修真界”中的“巫祝”与“神道法身术”。
“密宗”手印的种类可谓数以千记，每种都有特殊的含义和作用，例如：“吉祥印”、“金刚大惠印”、“大轮坛印”、“摧伏诸魔印”、“宝冠持宝印”、“光焰火界印”、“缚思等仙印”、“准九头龙印”等等。
虽然有些手印的名字相同，但其结出的形状却大相径庭，例如像“金刚甲胄印”就是“趋魔护体”的一种。如是，当以“明印”想成甲胄，擐于自身则遍起光焰，可恶心魔类，使之四散驰走，施展起来耗费精神力。
“忍者九印”依次为：“独占印”、“大金钢轮印”、“外狮子印”、“内狮子印”、“外缚印”、“内缚印”、“知券印”、“日轮印”和“隐形印”。这些“法印”多是“隐者”们从“东密”中借鉴过来的，也有从“阴阳师”处借用来的。
对“东密”而言，透过人体两手十个指头，配上心理想象的“意念”，契合某一“修法”，互相结成各个不同的“手印”，便可产
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