“后金”大军讨伐林丹汗后，他就举部西迁到了青海，最后病死于甘肃的大草滩，其子额哲被迫降清。
察哈尔部的附属部落包括克什克腾、浩齐特、敖汉、奈曼、苏尼特、乌珠穆沁、阿喇克卓特和主亦惕部，都是大汗直属部落。“达延汗”死后，本该由长子即位，但其长子图鲁博罗特早逝，故才由其子博迪即位，继承了察哈尔万户。“达延汗”第六子斡齐尔博罗特封在察哈尔万户之克什克腾部，掌管八个“鄂托克”。
他们不曾同明朝发生过任何关系。第七子阿尔博罗特封在浩齐特部，达赉逊库登汗在位期间的领导人是土门汗，驻扎于松岭以北。“达延汗”的第八子格哷博罗特领有察哈尔万户之敖汉和奈曼两个“鄂托克”。
格哷博罗特只有二子，后世则无记载，不知何故敖汉部和奈曼部则被图鲁博罗特次子纳密克之孙岱青杜楞和额森伟征诺颜接管，分别属于敖汉和奈曼，并活动于辽东义州一带。
阿尔博罗特后代仍有浩齐特部部民和牲畜，但浩齐特部名字则转为图鲁博罗特之孙库登汗所有。斡齐尔博罗特的克什克腾部则始终在其子孙手中。
在“后金”政权崛起前，努尔哈赤就十分重视对蒙古各部进行情报搜集工作，注重拉拢分化蒙古各部。
当时，蒙古是林丹汗在领导，他即位后为了加强权威，在巴林部修建了“察罕浩特城”，作为蒙古政治、经济、文化等方面的中心。
他任命永谢布部却热斯塔布囊管理右翼三万户，任命内喀尔喀部锡尔呼纳克洪台吉管理左翼三万户，察哈尔八鄂托克虽属左翼三万户，但直属林丹汗。他执政前期，尚有大汗权威，利用“藏传佛教”扩大影响。起初，他还尊奉“黄教”，但后来为“红教喇嘛”折服并改信红教，却导致信奉黄教的蒙古各部对其疏远。
西元1608年，努尔哈赤长子褚英进犯乌拉，而乌拉部向科尔沁部求援。经林丹汗同意，科尔沁部援军及时抵达，并击退了褚英。其后，科尔沁部几次奉林丹汗命令和“后金军”交战，还曾经深入“后金”地盘并掳掠了大批牛羊。在努尔哈赤攻略辽东的时候，林丹汗曾与“后金”发生了多次战争，却反被后金军所击败。
西元1619年，林丹汗致信努尔哈赤，自称“四十万蒙古之主”，并称努尔哈赤为“水滨三万人之主”。起初，科尔沁、喀喇沁、内喀尔喀五部等靠近后金的部落都对林丹汗提出警告，认为后金统一战争会影响蒙古，希望林丹汗采取必要措施防范努尔哈赤，但林丹汗却拒
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