不得不承认这一点，可以说《合金装备：幻痛》完全就是一个另类，长达数分钟，甚至是十来分钟的过场动画，即便是以讲故事为主的RPG游戏也绝对不会这样。
但《合金装备：幻痛》就是这样做了，只不过在《合金装备：幻痛》里面，星云游戏也做出了一些妥协，比如玩家可以选择是否去观看，而不是完成了一个关卡之后，强制你看个半天。
而整个故事的剧情也足够让人去沉迷，只不过有些地方他还是看不太懂，即便在之前他也已经玩过了《合金装备：原爆点》，甚至将《合金装备》的漫画也看了一遍。
随着骷髅脸的叙述，尹正看到的是一个因为战争而失去一切从而厌恶战争的人，同时产生出疯子般的想法，将核武扩散到各个国家，用《合金装备》作为威慑，让所有国家彼此忌惮，从而形成了一个和平的世界。
还有那个火人，以及后来飞在天上小孩，跟飞机里的伊莱以及隐喻当时的合金装备是被伊莱控制的镜头一开始尹正还有点不明白，不过这并不重要。
因为实在是太酷炫了，单刷合金装备的刺激跟大场面，简直是让人有一种爆炸的爽感。
经常刺激的BOSS战结束之后，尹正看着被钢筋压在地上的骷髅脸，以及他恳求着杀掉他的语气，突然尹正感觉整个人都舒服了，拿起枪跟米勒一起握着枪将地上的骷髅脸的胳膊跟腿打断，如同曾经米勒遭受过的苦难一样。
唯一有点让尹正不爽的是已经决定让骷髅脸自生自灭后，作为钻石狗首席科学家的休伊却因为报复心理而一枪毙了骷髅脸给了他一个痛快。
…………
一般来说衔接《合金装备：原爆点》，九年的时间过去了，BIG BOSS也成功报仇，并且成立了新的基地钻石狗，以及拥有了属于他们自己的核威胁跟合金装备，故事应该已经结束了。
但之前那如同幽灵一样的第三子，以及交给到了伊莱手中，世界上唯一一支没有被毁灭的英语声带虫病毒却成了伏笔。
随着左轮山猫对于伊莱的询问，在第三子的力量下伊莱驾驶着合金装备叛逃了钻石狗基地。
而就在这之后基地再一次爆发出了声带寄生虫的危机，而这一次比之前的那一次更强。
密封的基地中，BIG BOSS决定亲自前去探查情况，在基地里面地上的尸体血液，以及红色的警报灯就如同是地狱一样。
还有幸存但意识模糊的人，躺在地上发出不明所以的呻吟声。
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