元的第二次东征是在公元一二八一年，庞大的远征军从江浙和高丽同时出发。
此次出征的阵仗颇为壮观，共有大船舶近五千艘，军队约二十万，其中蒙古人四万五千，高丽人五万多，汉人约十大半为新附军（收编的南宋军）。
远征军中的蒙古人自然是作战的中坚力量，六月上旬元军开始登陆作战，登陆地九龙山距上次战争主力部队登陆的地不远。
由于倭国人早有准备，故而这次远征军遇到了更顽强的抵抗，高丽军统帅洪茶丘被俘杀，几名蒙古高级指挥官也相继阵亡。
激烈的战斗持续了一个多月，远征军的损失已超过三分之一，因为倭国人沿海滩构筑了一道坚固的石墙，这使得元军屡屡进攻始终无法突破。
到七月下旬，元军的粮草和箭已基本告罄，因此以元军的撤退收场。
通过对史料的分析，李云天认为蒙元之所以两次进攻都未能征服倭国，主要受到六大因素的制约：
一，第一次东征倭国时兵力不足，南宋尚未灭亡蒙古仅控制了北方中国、当时蒙古帝国正集结重兵准备南下攻打南宋，用以进攻倭国的兵力只有五万，劳师远征而且是蒙古人不擅长的跨海作战，再加上日本民族强悍，所以这些兵力显然不够。
当然了，兵力不足的原因除了蒙古帝国多线作战的因素外，更主要的是忽必烈轻视了倭国的军事实力。
二，蒙古在战术上没有丝毫的优势，按照倭国人事后的法，蒙古人的战斗力并不像想象的那样强大。
战争开始后倭国人采取了与蒙古人贴身近战的战术，这使蒙古人的弓箭和回回炮优势失效。
虽然蒙古兵能吃苦耐劳，必要时他们可以靠吃生马肉、喝马血维持生命，且作战机动性很强，一般只带很少的粮草，士兵的吃穿问题主要通过掠夺战争地区来解决。
可这两次东征中蒙古人无法发挥自己的特长，一直未能突入内地居民区，因此不可能有掠夺之地。
三，蒙古在武器装备上没有明显的优势，远征倭国使得蒙古第一次遇到了武器装备不逊于自己的对手。
倭国人装备的优势不仅在于战刀也在于武士的铁甲，据传元军普通士兵的刀剑与倭刀一碰即断，当时倭国的冶炼和刀具制作技术世界一流，倭刀的性能只有北印度和西亚出产的大马士革钢刀可以媲美。
因此只要距离稍远，蒙古弓箭就无力穿透日本武士的盔甲，失去了赖以自豪的弓箭的威力。
四，倭国的武士
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