1950年12月22日，傅斯年遗体大殓。
自早晨7时起，前来吊唁者陆续涌至，尔后人越来越多，殡仪馆的屋子和院子几无立足之地。在上千吊唁者中，有台湾学者、名流、国民党高级官员、傅斯年的亲友、同事和台湾大学的学生。国民党元老于右任扶杖前来，陈诚哭得两眼红肿，王宠惠、蒋梦麟、罗家伦、王世杰、朱家骅、李济、董作宾、毛子水等人，都站立在人群中默然相送。
10时30分，傅斯年的遗体送往火葬场，上千人冒着大雨，踏着泥泞道路，慢慢行走。
热泪横流的学生们手执小旗，上面写着：“校长，回头来瞧瞧我们！”望之令人心碎。
目睹此场面的台湾记者于衡，在1973年撰写的回忆采访生涯的长文中说：“傅斯年先生逝世，是我采访二十五年中，所见到的最真诚、最感人的一幕。
罗家伦说过，“一个人死后，弄到这许多朋友们流泪，许多青年学生们，千百成群来痛哭，不是一件容易的事！不是一件普通的事！”
12月31日，亦即1950年的最后一天，治丧委员会在台湾大学法学院礼堂（当时台湾大学本部尚无大礼堂）举行傅斯年追悼大会。礼堂正中，悬挂着蒋介石亲笔书写的“国失师表”的挽章，国民党高级官员、名人学者的挽章、挽联分挂两旁。蒋介石亲临致祭，各界要人亦皆前来，竟日致祭者达5000余人。
各界致送挽联达270余幅，挽诗60余首，挽词20余首，祭文6篇，唁电唁函90余封。各报章、杂志、专刊登载纪念文章110余篇。
其中中央研究院历史语言研究所同人的挽联是：
廿二载远瞩高瞻，深谋长虑，学术方基，忍看一瞑；五百年名世奇才，闳中肆外，江山如此，痛切招魂。
台湾大学全体师生的挽联：
早开风气，是一代宗师，吾道非欤？浮海说三千弟子；
忍看铭旌，正满天云物，斯人去也，哀鸿况百万苍生。
国民党大佬于右任挽联：
是子路，是颜回，是天下强者；
为自由，为正义，为时代青年。
蒋梦麟挽联：
学府痛师道，举国惜天才。
陈寅恪有诗悼念傅斯年：
不生不死最堪伤，
犹说扶馀海外王。
同入兴亡烦恼梦，
霜红一枕已沧桑。
胡适为傅斯年写的悼
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