长难守，沿海地区随时可能遭受倭寇焚掠的情况，决定建立沿海防御系统。
他组织人员把沿海倭情、地理形势及抗倭措施编成《筹海图编》，分发各地，指导抗倭作战。
力主缮甲造舰，修造大小战船数百艘，多置火器，如鸟铳、火炮、喷筒、火箭等。
在浙江沿海设海盐、澉浦、乍浦三大水寨，招募苍山、福清等船近百艘布列各港待命。
在福建沿海设立哨兵，置烽火门、小埕、南日、浯屿和铜山五大水寨，招募福船上百艘。
分以四参将六总兵统之，不管有没有警报，定期率队出海巡戒，遇到海寇必须力战，否则斩首不饶。
只是这些水师分散，或只是拘于近海防御，或配于戚继光、俞大猷等将领，属于从属部队，但已经属于明朝真正的水师。
后来朱翊钧要求胡宗宪组建完整的水师，掌握东南制海权，就是有此基础，他才能一下子拉出一支有战斗力的水师来。
“现在你调任宣大，东南交由仁甫先生（刘焘）坐镇，水师分由卢、俞两位将军执掌，能确保地方无虞，顺利清剿残余倭寇？”
“殿下，仁甫兄乃嘉靖十七年进士，精骑射，通韬略。此前在西北任职，熟悉边防戎务。后调任东南，以为臣的副手。转战于浙闽沿海，斩获无数。戚元敬曾在他麾下任参将，得他举荐，臣才得知元敬大才。
东南诸将，皆服其威信...”
“那就好。”朱翊钧看了看天色，干脆利落地起身说道：“天色不早了，我们回城吧。”
坐在马车上，胡宗宪忍不住问徐渭，“文长兄，今日世子问话，只问了一半，什么意思？”
“很简单。汝贞兄，九边的事，你和子理兄尽心尽责，届时尽量配合就是，世子殿下应该是另有乾坤。
其实他更担心汝贞兄、子理兄和戚将军陆续调离东南后，那边会不会反复？”
“不会！”胡宗宪斩钉截铁地答道，“刘仁甫镇得住！世子当初指点我建立水师，是绝妙之招。
浙江福建两水师，只会越战越强，有他们在，再加上王如龙等人统领的陆战营，倭寇难成气候。
倒是广东，以及从福建逃入江西的山贼，有愈演愈烈之势。但是有曹邦辅和王崇古，加上汤克宽、刘显足以应付。”
“那就好！你这么一说，世子也就放心了。”徐渭劝道，“京畿不比东南，如履薄冰，世子让你和子理外居关镇，反倒是对你们的保护。
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